CANCER CELL:探索非小细胞肺癌的潜在生物标志物！
来源：本站原创 2021-12-02 13:26
近段时间来自上海中医药大学的一个研究团队针对circRNAs开展了相关生信分析研究，以了解其对NSCLC的发生发展所起到的作用。
2021年12月2号 讯/生物谷BIOON近年来，越来越多的证据表明，环状RNA (circRNA)是一种由前体mRNA反向剪接而成的具有共价环的内源性新RNA，在调控靶基因表达中起着关键作用。circRNAs在各种癌症的发病机制中已被广泛报道，提示circRNAs可能是更好的预测生物标志物和治疗靶点。然而，对于与非小细胞肺癌发生和发展密切相关的关键环状circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络的了解仍然非常有限，需要进一步探索新的治疗指标和预后标志物。
近段时间来自上海中医药大学的一个研究团队针对circRNAs开展了相关生信分析研究，以了解其对NSCLC的发生发展所起到的作用。
在本研究中，研究人员在两个基因表达综合(Gene Expression Omnibus, GEO)数据集(GSE101684和GSE112214)中识别了非小细胞肺癌组织和配对的相邻正常组织之间的差异表达环状rna (DECs)。此外，构建了一个潜在的非小细胞肺癌中circRNA-miRNA-mRNA调控轴的ceRNA网络，并通过一系列分析和体外实验验证了该网络的有效性。此外，还建立了预后模型，并分析了免疫细胞浸润与ceRNA网络之间的关系。该方法可能揭示非小细胞肺癌发生和发展的分子机制，并提供新的潜在的诊断或预后生物标志物。
在两个GEO数据集中，NSCLC组织和邻接正常组织之间识别了15个DECs。qRT-PCR证实，A549和sk-me-1细胞中7个DECs (hsa_circ_0002017, hsa_circ_0069244, hsa_circ_026337, hsa_circ_0002346, hsa_circ_0007386, hsa_circ_0008234, hsa_circ_0006857)较HLF-1细胞显著下调。然后通过Circinteractome和StarBase筛选12个circRNA和miRNA，其中hsa-miR-767-3p和hsa-miR-767-5p显著上调并与预后相关。利用miRDB和Cytoscape，共发现12个miRNA靶基因。还进行了功能富集、基因组突变和诊断分析。其中FNBP1、AKT3、HERC1、COL4A1、TOLLIP、ARRB1、FZD4、PIK3R1通过TIMER数据库与免疫浸润相关。通过cox回归和nomogram分析，ARRB1、FNBP1、FZD4和HERC1的表达与NSCLC患者较低的总生存期(OS)相关。
GSE10684和GSE112214中DECs的火山图
近段时间来自上海中医药大学的一个研究团队针对circRNAs开展了相关生信分析研究，以了解其对NSCLC的发生发展所起到的作用。
在本研究中，研究人员在两个基因表达综合(Gene Expression Omnibus, GEO)数据集(GSE101684和GSE112214)中识别了非小细胞肺癌组织和配对的相邻正常组织之间的差异表达环状rna (DECs)。此外，构建了一个潜在的非小细胞肺癌中circRNA-miRNA-mRNA调控轴的ceRNA网络，并通过一系列分析和体外实验验证了该网络的有效性。此外，还建立了预后模型，并分析了免疫细胞浸润与ceRNA网络之间的关系。该方法可能揭示非小细胞肺癌发生和发展的分子机制，并提供新的潜在的诊断或预后生物标志物。
在两个GEO数据集中，NSCLC组织和邻接正常组织之间识别了15个DECs。qRT-PCR证实，A549和sk-me-1细胞中7个DECs (hsa_circ_0002017, hsa_circ_0069244, hsa_circ_026337, hsa_circ_0002346, hsa_circ_0007386, hsa_circ_0008234, hsa_circ_0006857)较HLF-1细胞显著下调。然后通过Circinteractome和StarBase筛选12个circRNA和miRNA，其中hsa-miR-767-3p和hsa-miR-767-5p显著上调并与预后相关。利用miRDB和Cytoscape，共发现12个miRNA靶基因。还进行了功能富集、基因组突变和诊断分析。其中FNBP1、AKT3、HERC1、COL4A1、TOLLIP、ARRB1、FZD4、PIK3R1通过TIMER数据库与免疫浸润相关。通过cox回归和nomogram分析，ARRB1、FNBP1、FZD4和HERC1的表达与NSCLC患者较低的总生存期(OS)相关。
GSE10684和GSE112214中DECs的火山图
总之，该研究基于GEO数据集挖掘、一系列生物信息分析和体外验证实验，构建了一个潜在的NSCLC中circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络。此外，hub基因的表达与NSCLC患者的预后和免疫细胞浸润有关。这些发现确定了潜在的诊断或预后生物标志物，并为非小细胞肺癌的致癌和进展的潜在机制提供了新见解。
原始出处：Yang J, Hao R, et al. Construction of circRNA-miRNA-mRNA network and identification of novel potential biomarkers for non-small cell lung cancer. Cancer Cell Int. 2021 Nov 20;21(1):611. doi: 10.1186/s12935-021-02278-z. PMID: 34801043; PMCID: PMC8605517.
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