Oncotarget：研究揭示染色质暴露程度对于人类癌症的发生与发展的影响
来源：本站原创 2020-05-07 23:33
在最近一项研究中，作者分析了404位癌症患者的ATAC-seq数据，并将染色质的分子特性与患者的人口统计学，肿瘤组织学，分子亚型和生存率之间建立了联系。
2020年5月8日讯/生物谷BIOON/---在最近一项研究中，作者分析了404位癌症患者的ATAC-seq数据，并将染色质的分子特性与患者的人口统计学，肿瘤组织学，分子亚型和生存率之间建立了联系。
文章作者，美国MD安德森癌症中心生物信息学和计算生物学系的yuexin 博士认为，染色质的暴露程度，尤其是X染色体上基因的活性，在很大程度上取决于患者的性别，但在很大程度上取决于患者的年龄或肿瘤的发展阶段。
（图片来源：Www.pixabay.com）
在这一研究中，作者们利用高活性Tn5转座酶高效切割染色质暴露的DNA位点，同时后进行下一代测序，从而揭示了染色质中特定位点的暴露情况。这种名为ATAC-seq的技术已实现了对原发性人类癌症中染色质暴露程度的全基因组分析，然而此前很少有通过使用ATAC-seq技术对有限类型的癌症（例如前列腺癌，胰腺癌和血液系统恶性肿瘤）进行研究。
通过对来自404个供体的410个肿瘤样品进行了ATAC-seq，并生成了人类癌症中染色质暴露程度的图谱。作者发现了特定癌症发生过程中染色质特定位点的暴露程度，并间接揭示了基因的活化特征。
进一步，作者将整合ATAC-seq数据以及患者的临床或分子特征，以确定启动子区域中的染色质可及性与患者人口统计信息之间的关联，例如性别，年龄，肿瘤分期和组织学，分子亚型和患者生存率。
资讯出处：
Study provides more insight into the initiation and progression of human cancers
原始出处：Liu, Y. (2020) Clinical implications of chromatin accessibility in human cancers. Oncotarget. doi.org/10.18632/oncotarget.27584.
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