AI蛋白质折叠奠基人许锦波创立分子之心，产学研一体

近日,A I蛋白质设计平台公司“分子之心(MoleculeMind)”宣布,公司已完成数千万美元天使轮融资,由红杉中国领投,百度风投、生命园创投基金、芯航资本、未来启创等跟投。本轮融资将用于进一步扩大团队、AI蛋白质平台的持续进化,以及科研成果的产品化转化。分子之心创始人兼首席科学家、知名计算生物学家许锦波教授在4月17日举办的“我是科学家”活动上透露了这一信息。

许锦波表示:“蛋白质是大自然最壮观的机器。蛋白质药物或相关制品,在治疗疾病及推动社会生产进步方面,拥有超越想象的广阔空间。分子之心将运用顶级AI能力在此领域进行深耕与探索,在中国建立世界一流的计算生物学科,并推动科技成果的产业级转化。欢迎人工智能、生物、制药等领域优秀人才加入分子之心。”

许锦波被业界誉为“AI蛋白质折叠技术奠基人”。他于2016年研发的RaptorX-Contact方法,首次证明深度学习方法可以大幅度提高蛋白质结构预测的精度,从而拉开了AI蛋白质结构预测时代的序幕。2020年,谷歌旗下Deepmind公司开发的AlphaFold算法在蛋白质结构预测方面取得突破,正是基于这一方法开发的。业界普遍认为,蛋白质结构预测技术的快速突破,正在重新改写医疗健康和生命科学领域的技术路径,从而实现跨越式的发展。

许锦波开发的AI算法和软件,被默克、基因泰克等公司持续用于蛋白质结构和功能预测。因为在蛋白质领域的贡献,许锦波多次被授予美国斯隆研究奖、美国自然科学基金早期职业奖、《PLoS Computational Biology》创新突破奖、国际计算生物学顶级会议 RECOMB 最佳论文奖和时间检验奖 (Test-of-Time Award)等荣誉,他本人也是国际计算生物学官方期刊《Bioinformatics》的编委。许锦波教授毕业于中国科学技术大学,并在美国麻省理工学院数学系和人工智能实验室接受博士后训练,曾担任美国芝加哥丰田计算技术研究所教授,是全球人工智能和生命科学的交叉领域首屈一指的顶尖华人科学家。他目前在北京大学BIOPIC担任访问教授。

许锦波在上述活动演讲中谈到,虽然目前AI在蛋白质的研发方面还处于辅助地位,但有望通过学界和产业界的共同努力,让AI成为催生创新的关键驱动力。分子之心将借助顶级AI算法,加速药物研发全流程,及工业、农业等领域的蛋白质发现与设计,为人类健康及社会发展进步带来更大的福祉。许锦波表示,希望分子之心能成为“AI时代的默克”。

这位世界顶尖的计算生物学家,同时也是一位具有前瞻视野、极具号召力的产业专家。由许锦波牵头,分子之心已在国内组建了一支拥有全球顶尖计算生物专家的专业团队,成员均拥有海外知名高校的研修背景。分子之心还积极与国外同行开展联动,计划在全球范围内同步打造专业的研发实验室。

目前,分子之心团队正基于许锦波前期科研成果,沿着“产学研用”一体化思路,针对AI蛋白质预测与设计开展科研攻关和工业应用,并已经打造了一个拥有自主知识产权的AI大分子优化与设计平台“MoleculeOS”,运用数据驱动的深度学习方法,帮助生物技术专家快速识别和产生最合适的蛋白质,快速将实验室研究成果规模化投射到工业级应用。这一平台相当于智能生命科学领域的基础设施,既可用于多肽、抗体、酶和小蛋白的研究和设计,将大分子创新药的研发变成可预测、可编程,为药物研发全流程提效,也可灵活且广泛地应用于化学、材料、工业、农业等领域的蛋白质优化与设计。

“运用高通量、干湿一体化的生物计算引擎,MoleculeOS已经具备全球领先的蛋白质结构及特性预测、多肽和蛋白质设计能力,未来还将在成药开发、蛋白质-蛋白质相互作用的预测方面,发挥出更大的价值。”许锦波认为,未来甚至有望借助AI预测基因变异和疾病的关系,甚至重新设计自然界不存在的蛋白质结构和全新的抗体。

基于这一平台,分子之心正在针对特殊表位的单克隆抗体药物、小蛋白药物、双表位抗体药物等展开研究,并与国家级生命科学与医学实验室建立了合作,推动AI蛋白质研究和设计成果实现转化。

除了生物药的研发,AI大分子优化与设计平台也被运用到合成生物学等领域,为能源、材料、农业、工业、食品、消费品等更广泛领域带来变革。例如,制造效率更高的可再生生物燃料,解决能源和环境问题;或是用AI打造具有全新且稳定功能的工业酶,用于工业生产中。

分子之心的顶尖创始团队,以及生命科学与AI结合可能为医疗健康领域带来的革命性机遇,使其在初创阶段就受到了诸多重量级投资机构的关注和青睐。

红杉中国合伙人杨云霞表示:“红杉中国一直密切关注AI计算等技术对新药研发领域带来的变革。利用预测蛋白结构的AI算法,根据靶点结构即可实现从头设计结合特定位点的全新蛋白,这一突破有望对药物发现产生颠覆性影响。许锦波教授在这一领域过去有近20年的积累,取得的瞩目成果对行业产生了奠基性贡献。我们相信通过许教授团队的产学研转化,分子之心能持续给大家带来惊喜,期待公司早日成为全球AI大分子药物领域的引领者。”

百度风投CEO高雪表示:“蛋白质药物设计是生物制药皇冠上的明珠。AI在蛋白质结构预测方面的卓越表现,使得基于AI的蛋白质药物从头设计成为可能。百度风投是国内为数不多深度关注AI领域早期项目的基金,看好AI在生命科学领域的创新应用,我们相信鉴于许锦波老师在AI蛋白质领域的里程碑式贡献和长期科研积累,将为蛋白质药物的从头设计带来历史性的突破,极大地促进抗体、酶和细胞因子等蛋白质药物的开发。”

生命园创投基金合伙人薛园表示:“生命园创投立足于北京国际科技创新中心,支持北京市各大科研院所PI科技成果转化。许锦波教授引领了人工智能在蛋白质结构预测领域的突破,是全球范围内AI蛋白预测领域领先的华人科学家,分子之心的创始团队科学基础严谨,产业化经验丰富,我们认可MoleculeOS未来在生物医药等领域的巨大潜力,相信分子之心打造的团队能够实现蛋白药物从计算到试验全过程,为AI赋能生命科学做出卓越的贡献。”

芯航资本创始合伙人徐菁表示:“AI犹如‘超能引擎’,改变了分子生物学家的研究范式,也为产业带来了跃升式发展的契机。在以许锦波教授为代表的全球科学家的努力下,AI技术预测和设计蛋白质结构的水平不断提升,已经到达可以转化为工业级应用的临界点。芯航看好‘智能+生命科学’交叉融合带来的革命性牵引力,希望分子之心能够成为推动中国的智能生命科学快速前行,跨越技术深海,形成突破性创新的重要力量。”

未来启创基金执行董事李亚表示:“许锦波老师是非常难得的在AI领域和蛋白质领域都有深入研究及应用的科学家。未来启创基金致力于助力百年科学公益,我们非常兴奋看到许锦波老师归国推动世界级前沿成果的转化,这将为创新医药带来跨时代的变化。”（生物谷 bioon）