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单细胞和空间转录中环形RNA深度学习算法取得进展

CIRI-deep可以实现多种转录组测序数据中差异剪接环形RNA的可靠预测,并在单细胞及空间水平实现细胞类型特异环形RNA的准确解析,具有广泛的应用场景。

2024-02-21

科研人员开发表观转录数据聚类框架iMVP

iMVP的开发为RNA编辑修饰研究带来了新的可能性,为科研人员提供了一个更全面、更有效的工具,有望有助于更深入地理解RNA编辑修饰的复杂性和功能。

2023-10-13

研究人员利用光催化邻近标记技术揭示应激颗粒转录动态变化

应激颗粒是在胁迫条件下形成的动态结构,通常认为其中包含翻译被抑制的RNA以及翻译元件,并可在刺激消失后解聚,是细胞内典型的无膜细胞器。

2023-12-04

大鼠和人类胰岛转录中发现2型糖尿病前期的标志

中国科学院数学与系统科学研究院李雷课题组开发了一种计算方法,对T2D的动物模型Goto-Kakizaki(GK)和对照模型Wistar(WST)大鼠胰岛的时间序列全基因表达谱以及来自捐献者的人类胰岛的

2023-10-11

研究人员开发全基因检测逆转录转座子的新方法

逆转录转座子(Retrotransposons)在大多数物种中都普遍存在,能够通过“复制-粘贴”机制进行大量扩增,在人类基因组中占比超过35%。逆转录转座子可以为创造新的功能基

2023-11-15

Nature:中美科学家联袂揭示启动小鼠合子基因激活的关键转录因子

在一项新的研究中,来自中国清华大学和美国加州大学戴维斯分校的研究人员发现受精卵细胞---称为合子(zygote)---如何进行“重置”,从而使新形成的胚胎能够按照自己的遗传程序

2023-07-28

来自麻雀的逆转录转座子可将DNA插入人类基因安全港,为更安全的基因治疗奠定基础

研究团队开发了一种新型基因插入技术——“精确RNA介导的转基因插入”(PRINT)。

2024-02-27

Advanced Science:韩敬东团队开发转录数据空间重构新算法

该研究建立了一种单细胞/寡细胞转录组数据从头空间重构算法——De Novo Coalescent Embedding(D-CE)。该研究利用细胞-细胞转录相关网络的非线性嵌入方法,从头重构了单细胞转录

2023-06-21

研究鉴定出小麦穗发育的转录调控因子

为促进小麦穗发育研究和分子设计育种,团队与合作者搭建了小麦穗发育多组学数据库,提供了包括基因信息查询、共表达分析、TRN预测、表观图谱绘制及突变体库检索等模块在内的“一站式”服务。

2024-02-12

空间转录数据多模态可视化工具研究取得进展

目前已有工具可以将二维切片的基因表达模式进行可视化,或者进一步堆叠多张切片并形成组织的三维静态视图,但在三维空间中对空间转录组数据的分子特征和空间形态进行交互式探索仍然是一个难点。

2023-06-05