用CRISPR寻找新肿瘤药 - 陈巍学基因(32)
欢迎来到【陈巍学基因】,我们这个节目,主要是给大家介绍基因组学,和临床分子诊断的最新技术进展。
今天要和大家谈的,是用CRISPR方法,来寻找新的、可能的肿瘤药物。
提出这个方法的,是加拿大Donnelly Centre的Traver Hart。Traver Hart把他的这项研究成果,发表在《Cell》杂志2015年12月3日这一期上。论文的题目是《High-Resolution CRISPR Screens Reveal Fitness Genes and Genotype-Specific Cancer Liabilities》。我们这期节目,就主要围绕这篇文章来进行讲解。
文章的核心内容,就是:
1.用CRISPR方法,把几种肿瘤细胞系的几乎所有的基因都做一遍敲除,也就是“Knock out”。
2.然后用高通量测序,来看哪些基因被敲除之后,细胞的生长会受到抑制。
3.接下来,在几种肿瘤细胞系之间进行比较,看哪个基因,是对一个特定细胞系的生长,是必需的,而在别的细胞系当中,这个基因是非必需的。那么,这个基因就可能是治疗这种肿瘤的,潜在的、新的治疗靶点
本视频详细介绍了这种全新的方法,和用这个方法找到的一系列潜在的新药化合物的实例。
GE:CRISPR-Cas9基因编辑解决方案
CRISPR-Cas9基因编辑系统是最新开发出的基因编辑手段之一,同时因其“前所未有的高效和令人吃惊的简单易用”等特点,愈发成为科学家竞相追逐的热点。但市面常见的CRISPR-Cas9系统实验步骤多,耗时长,甚至需要保证病毒才能转导细胞,要获得理想的结果十分不易。Dharmacon强大的研发能力还提供在线设计crRNA工具,轻点鼠标即可完成设计,基因编辑一气呵成!
CRISPR/Cas9 & TetraOne:基因敲除/敲入鼠模型的快速构建技术
众所周知,基因工程小鼠模型已被广泛应用于生物医药研究,但模型小鼠的构建技术复杂、耗时长且花费高,让很多实验室望而却步。在本次讲座中,欧阳应斌博士(赛业生物技术副总裁、高级科学家)主要介绍基因敲除/敲入鼠模型的快速构建技术——CRISPR/Cas9基因编辑技术与TetraOne技术,同时会简述转基因技术(PiggyBac系统)和传统ES打靶技术,并重点讲解每种技术的优势、缺点及应用。
基因工程与CRISPR-Cas9:一个突破性的技术诞生
Jennifer Doudna讲述了如何学习的故事细菌战病毒感染的方式变成了基因工程技术转化了分子生物学研究。2013,Doudna和她的同事们发展了CRISPR-Cas9基因表达系统,当引入动物细胞时,使特定地点的变化,完整的基因组。CRISPR-Cas9更精确,更有效,和不太昂贵的比其他基因组编辑工具,并作为一个结果,有了广泛的研究,以前无法实现的。
【网络讲堂】CRISPR完整解决方案
对细胞模型、动物模型进行基因编辑是现代生物学研究最重要的进步之一。传统的基因编辑手段(ZFN,TALEN等)虽然能够成功实现基因编辑,但是这些核酸酶设计复杂且成本高昂,很难如PCR技术一般成为实验室常规技术。CRISPR以其简易、高效的特征迅速成为该领域的新宠而变为实验室常备技术。本视频以默克在CRISPR应用解决方案基础上深入浅出地探讨构建转基因细胞、动物的流程及所需工具;分析集合型CRISPR文库在功能基因筛选上的成果、科研思路以及存在的不足;详细介绍了矩阵型CRISPR文库在筛选方案、效率及准确性等方面的潜在优势。
戴一凡:利用CRISPR/Cas9基因编辑技术建立基因改造猪
介绍了基因改造猪方面所做的工作,提到了利用CRISPR/Cas9同时敲除三个关键的猪糖分子基因,三基因敲除猪细胞与人抗体反应显著降低。CRISPR/Cas9一次性去除猪内源性病毒等。利用CRISPR/Cas9基因编辑技术建立基因敲除猪疾病模型。
李晓江:利用CRISPR-Cas9在猕猴内功能性敲除杜氏肌萎缩症基因
介绍了利用最新的CRISPR/Cas9技术建立能够模拟出人类疾病的猕猴模型将具有重大意义,应用CRISPR/Cas9基因打靶技术又建立了杜氏肌萎缩症疾病猕猴模型。分析因难产而死亡猴的肌肉组织发现,CRISPR/Cas9介导的嵌合打靶突变可使dystrophin蛋白表达明显下降或消失,并表现出类似于DMD病人早期出现的肌肉细胞退化的病理特征。该研究还表明 CRISPR/Cas9亦能在雌性猴内有效地敲除dystrophin的双链基因,所表现的肌肉组织病理变化不依赖于性染色体遗传特性,从而证明 CRISPR/Cas9可作为一个强大的基因打靶工具来建立灵长类动物的疾病模型。DMD猴模型亦可为今后进一步揭示DMD疾病的早期重要病理变化及为该 疾病的早期干预性治疗提供重要的动物模型。
刘 琦:通过挖掘NGS数据解读microhomology和人基于CRISPR-基因敲除的框内发生突变之间的关系
从生物信息学的角度,讲解了通过挖掘NGS数据,破解基于CRISPR介导的基因敲除中,微小同源和in-frame突变之间的关系。
XiquanLiang:CRISPR-Cas9高效率和高通量的细胞工程应用
介绍了CRISPR/Cas9的高效和高通量应用,为我们在具体使用CRISPR/Cas9技术上提供了建议
李劲松:当单倍体干细胞遇上CRISPR-Cas9
介绍了研究单倍体干细胞研究背景,以及目前面临的相关研究问题:单倍体细胞的“受精”能力随着细胞的传代逐渐丢失,特别是经过基因编辑后,这些细胞再注入卵子中很难获得健康半克隆小鼠。建立了新的概念-建立了可培养的“精子细胞”。卵子来源“人造精子”的建立。介绍了相关方面的应用,还介绍了结合CRISPR/Cas9技术利用单倍体进行研究的一系列优势。