NSR：浙江大学乐敏团队报告中国肠炎沙门氏菌谱系替代的“全健康”基因组学证据

肠炎沙门氏菌是全球食源性暴发和侵袭性感染的主要原因。作为一种广泛宿主范围的病原体，它对家畜（尤其是家禽）和人类健康构成持续威胁。虽然肠炎沙门氏菌在高收入国家常与大规模食源性胃肠炎暴发相关，但在低收入和中等收入地区，它是侵袭性非伤寒沙门氏菌病的主要驱动因素。

在受iNTS负担最重的非洲大陆，肠炎沙门氏菌是仅次于鼠伤寒沙门氏菌ST313的关键感染风险。有证据表明，这些血清型正在经历平行进化，其特征是对人类宿主的逐渐适应。

然而，最近一项研究表明，在非洲以外的地区（如中国），肠炎沙门氏菌已分化为日益耐抗生素和适应人类的谱系，其进化轨迹与非洲菌株不同。这些区域性研究强调了肠炎沙门氏菌进化中显著的地理依赖性，特定的生态位产生了区域特异性的谱系。

抗生素耐药谱和遗传关联（图源自National Science Review）

在此，研究人员采用跨学科“全健康”方法，整理并分析了中国最大的肠炎沙门氏菌基因组数据集，整合了来自人类、动物、食品和环境部门的分离株。研究分析揭示，抗菌药物耐药性出现了令人担忧的升级，多重耐药率在二十年间增加了三倍。这一抗菌药物耐药性的激增与中国大陆三个主要谱系——Global-b1、Global-b2和Global-c——的分化进化同时发生。

关键的是，Global-c谱系通过一个由耐药性驱动的谱系替代过程实现了比例上的主导地位。这种成功由可移动遗传元件驱动，并得到增强的环境应激耐受性和代谢可塑性的支持。额外的SNP距离映射揭示了以人为中心的传播证据。总之，该研究阐明了肠炎沙门氏菌谱系的复杂、局部适应和竞争动态。

参考消息：https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwag275/8676381