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环形RNA与线性RNA定量比较新方法-CLEAR

  1. CLEAR

来源:上海营养与健康研究所 2020-01-19 11:58

1月15日,国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院-德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Ex





1月15日,国际学术期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在线发表了中国科学院-德国马普计算生物学伙伴研究所杨力研究组关于环形RNA研究的最新进展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression”。该研究发布了升级版的环形RNA与线形RNA直接定量比较的分析系统CIRCexplorer3-CLEAR,用于开展环形RNA的精准定量研究。
真核生物中的反向剪接可以将外显子序列反向首尾连接形成环形RNA。基于发现定位于反向剪接位点的高通量测序读序,杨力研究组在2014年建立了高效的环形RNA计算分析新流程(CIRCexplorer, version 1),并通过合作系统揭示了环形RNA在体内的广泛存在、揭示了互补序列介导的环形RNA产生基础及其调控的普遍性规律(Zhang et al., Cell 2014)。开发的环形RNA计算分析流程CIRCexplorer被认为是在当时已有的环形RNA计算分析流程中预测效率和准确性最适的工具包(Hansen et al., Nucleic Acids Res 2016)。2016年,杨力研究组报道了升级版的CIRCexplorer2开源工具包,通过比较对应环形RNA和线性RNA的表达,全面阐述了环形RNA可变反向剪接(alternative back-splicing)和可变剪接(alternative splicing)的复杂性和多样性,并建立了环形RNA数据库网站http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia(Zhang et al., Genome Res 2016;Dong et al., Genomics Proteomics Bioinformatics 2018)。但是,除了反向剪接位点以外,环形RNA与其对应的线形RNA在一级序列上完全重复,因此从转录组测序数据中系统发现环形RNA和线形RNA的策略不同。包括CIRCexplorer (version 1 and 2)在内,现有方法对环形RNA的全转录组检测和定量主要依赖对跨反向剪接位点读序的分析获得FPM(fragments per million mapped fragments);而对线形RNA的定量分析则依赖覆盖外显子和跨外显子的读序以获得FPKM(fragments per kilobase of transcript per million mapped fragments)。FPM和FPKM定量标准的不一致导致它们无法直接用来比较环形RNA及其对应线形RNA的表达。
在这项最新的研究中,杨力研究组开发了3.0版本的CIRCexplorer分析新流程用于环形RNA与线形RNA直接定量比较(https://github.com/YangLab/CLEAR),根据可被用于环形RNA与线形RNA直接定量比较的这一特性,这个新流程也被命名为CLEAR(circular and linear RNA expression analysis from ribosomal-RNA depleted RNA-seq)。在该最新的CLEAR流程中,研究人员定义并使用新的定量参数FPB(fragments per billion mapped bases)计算环形RNA与线性RNA的表达水平,主要通过计算跨反向剪接位点的读序获得环形RNA的表达(FPBcirc),同时计算跨正常剪接位点的读序获得线形RNA的表达(FPBlinear)。进一步,通过直接比较环形RNA及其对应线形RNA的FPB值获得CIRCscore(FPBcirc vs FPBlinear),用来表征环形RNA相对于线形RNA的表达水平。相对于原有的FPM,新建立的FPB不受读序长度与测序策略的影响,因此可以对来源于不同读序长度、测序策略和测序深度的样本进行比较;同时,新建立的CIRCscore能进一步去除线形RNA的表达背景对环形RNA进行相对定量,因此基于FPB和CIRCscore的定量分析将有更广的适应性和更高的鲁棒性。利用CIRCexplorer3-CLEAR,研究人员可筛选获得相对于线形RNA高表达的环形RNA,并开展后续环形RNA功能及作用机制等研究。(生物谷Bioon.com)

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