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Genome Biol:深度测序揭示胃癌发病机制

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来源:生物谷 2013-01-29 23:19

2013年1月29日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,刊登在国际著名杂志Genome Biology上的一篇研究报告中,来自新加坡A*STAR研究所的研究人员发现了胃癌发生的四个过程,这对于研究胃癌,世界上常见的第二大致死性癌症,非常重要,每年有大约750,000患上胃癌,其中亚洲人占60%。

2013年1月29日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,刊登在国际著名杂志Genome Biology上的一篇研究报告中,来自新加坡A*STAR研究所的研究人员发现了胃癌发生的四个过程,这对于研究胃癌,世界上常见的第二大致死性癌症,非常重要,每年有大约750,000患上胃癌,其中亚洲人占60%。

使用新一代的测序技术,研究者就可以对胃癌基因组进行深入全方位的测序,在宏观和微观突变的尺度上对胃癌进行研究。研究者在胃癌研究中发现了引发突变的四个关键过程,其中第一个过程对基因具有靶向效应,而且可以通过细菌感染诱发。其他过程都是在整个基因组上具有特定效应,包括氧化性损伤过程、DNA校对机制失败等。

这些过程的变化过程的发现为研究者研究胃癌的发生具有重要作用,对于研究者开发出新型诊断技术和疗法也提供了巨大帮助。

研究者Niranjan Nagarajan博士说,癌症也是不断进化的,因此理解癌症的进化对于开发新型疗法非常关键,以前,癌症的突变过程并没有人在基因组水平或者基因的水平上研究揭示。这项研究中,我们首次进行研究研究阐释,这对于痢疾并且发现胃癌的发病提供了很多研究数据。

研究者Patrick Tan表示,这是首次在全基因组水平上分析胃癌,这项研究也进一步展示了新加坡科学家在研究胃癌领域的带头作用。通过对胃癌进行深入测序研究不仅仅鉴别出了人类基因组的许多突变,而且也揭示了微生物及其病原基因的含量程度。这是一项非常有意义的研究,通过对胃癌体细胞突变的分析,研究者发现了许多对胃癌具有影响的基因,后期研究中研究者将深入研究这些基因和胃癌发病之间的关联。(生物谷Bioon.com)

Whole-genome reconstruction and mutational signatures in gastric cancer

Niranjan Nagarajan, Denis Bertrand, Axel M. Hillmer, Zhi Jiang Zang, Fei Yao, Pierre-Etienne Jacques, Audrey S.M. Teo, Ioanna Cutcutache, Zhenshui Zhang, Wah Heng Lee, Yee Yen Sia, Song Gao, Pramila N. Ariyaratne, Andrea Ho, Xing Yi Woo, Lavanya Veeravali, Choon Kiat Ong, Niantao Deng, Kartiki V. Desai, Chiea Chuen Khor, Martin L. Hibberd, Atif Shahab, Jaideepraj Rao, Mengchu Wu, Ming Teh, Feng Zhu, Sze Yung Chin, Brendan Pang, Jimmy B.Y. So, Guillaume Bourque, Richie Soong, Wing-Kin Sung, Bin Tean Teh, Steven Rozen, Xiaoan Ruan, Khay Guan Yeoh, Patrick B.O. Tan and Yijun Ruan

Background Gastric cancer is the second highest cause of global cancer mortality. To explore the complete repertoire of somatic alterations in gastric cancer, we combined massively-parallel short read and DNA-PET sequencing to present the first whole-genome analysis of two gastric adenocarcinomas, one with chromosomal instability and the other with microsatellite instability. Results Integrative analysis and de novo assemblies revealed the architecture of a wild-type KRAS amplification, a common driver event in gastric cancer. We discovered three distinct mutational signatures in gastric cancer - against a genome-wide backdrop of oxidative and microsatellite instability-related mutational signatures, we identified the first exome-specific mutational signature. Further characterization of the impact of these signatures by combining sequencing data from 40 complete gastric cancer exomes and targeted screening of an additional 94 independent gastric tumors uncovered ACVR2A, RPL22 and LMAN1 as recurrently mutated genes in microsatellite instability-positive gastric cancer and PAPPA as a recurrently mutated gene in TP53 wild-type gastric cancer. Conclusions These results highlight how whole-genome cancer sequencing can uncover information relevant to tissue-specific carcinogenesis that would otherwise be missed from exome-sequencing data.

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