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Nat. Genet:胚胎发育中染色质修饰特异性组合决定增强子活性

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  5. 染色质修饰
  6. 胚胎发育
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来源:生物谷 2012-02-10 13:44

称作染色质修饰化学标记(绿色)激活称作远程控制器的增强子(黄色),将一个基因(红色)开启或关闭。图片来自 EMBL/P. Riedinger。 当胚胎发育时,不同细胞中不同基因被打开以便形成肌肉、神经元和身体其他部分。在每个细胞的细胞核内部,称作增强子的基因序列发挥着类似远程控制器(remote control)的作用,打开和关闭基因。


称作染色质修饰化学标记(绿色)激活称作远程控制器的增强子(黄色),将一个基因(红色)开启或关闭。图片来自 EMBL/P. Riedinger。

当胚胎发育时,不同细胞中不同基因被打开以便形成肌肉、神经元和身体其他部分。在每个细胞的细胞核内部,称作增强子的基因序列发挥着类似远程控制器(remote control)的作用,打开和关闭基因。如今,德国海德尔堡欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, EMBL)科学家能够精确地观察和预测何时激活真实胚胎中的每个远程控制器。2012年1月9日,他们的研究成果发表在《自然-遗传学》期刊上。

来自EMBL的 Eileen Furlong实验室的Stefan Bonn,Robert Zinzen和Charles Girardot发现在发育过程中在精确的时间内,将染色质修饰---促进或阻碍基因表达的化学标记---的特异性组合放置在增强子上或者从增强子上移除,从而开启或关闭这些远程控制器。

Furlong说,“在发育中的多细胞胚胎里,我们的新方法提供关于基因和增强子活性状态的细胞类型特异性信息。”

科学家研究了已知的增强子,在果蝇发育的特定时间称作中胚层(mesoderm)的细胞类型里比较了激活的增强子和失活的增强子。他们注意到这些增强子中每一个拥有哪些染色质修饰,并设计出一种计算机模型,这样单就基于它携带的染色质标记,就可准确滴预测一个增强子是活性的或失活的。

在未来,这些科学家计划使用这种方法在胚胎发育的不断阶段不同的组织类型中,研究增强子的活性状态和称作转录因子的关键开关的存在之间的相互作用,以便获得单个细胞如何长成一个复杂有机体的更加完整的全貌。(生物谷:towersimper编译)

Tissue-specific analysis of chromatin state identifies temporal signatures of enhancer activity during embryonic development

Stefan Bonn, Robert P Zinzen, Charles Girardot, E Hilary Gustafson, Alexis Perez-Gonzalez, Nicolas Delhomme,Yad Ghavi-Helm, Bartek Wilczyński, Andrew Riddell & Eileen E M Furlong

Chromatin modifications are associated with many aspects of gene expression, yet their role in cellular transitions during development remains elusive. Here, we use a new approach to obtain cell type–specific information on chromatin state and RNA polymerase II (Pol II) occupancy within the multicellular Drosophila melanogaster embryo. We directly assessed the relationship between chromatin modifications and the spatio-temporal activity of enhancers. Rather than having a unique chromatin state, active developmental enhancers show heterogeneous histone modifications and Pol II occupancy. Despite this complexity, combined chromatin signatures and Pol II presence are sufficient to predict enhancer activity de novo. Pol II recruitment is highly predictive of the timing of enhancer activity and seems dependent on the timing and location of transcription factor binding. Chromatin modifications typically demarcate large regulatory regions encompassing multiple enhancers, whereas local changes in nucleosome positioning and Pol II occupancy delineate single active enhancers. This cell type–specific view identifies dynamic enhancer usage, an essential step in deciphering developmental networks.

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