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科研人员开发表观转录数据聚类框架iMVP

iMVP的开发为RNA编辑修饰研究带来了新的可能性,为科研人员提供了一个更全面、更有效的工具,有望有助于更深入地理解RNA编辑修饰的复杂性和功能。

2023-10-13

单细胞和空间转录中环形RNA深度学习算法取得进展

CIRI-deep可以实现多种转录组测序数据中差异剪接环形RNA的可靠预测,并在单细胞及空间水平实现细胞类型特异环形RNA的准确解析,具有广泛的应用场景。

2024-02-21

Nature子刊:诸颖团队开发空间转录语义注释新算法Pianno

在这项研究中,研究团队展示了Pianno在注释各种形状的解剖结构以及病灶和细胞类型方面的卓越性能,这些数据来自不同的空间技术平台。

2024-04-10

Cancer Discov | 北京大学汤富酬/周鑫揭示了结直肠癌分子亚型的表观遗传基础和特征转录因子

该研究系统地揭示了著名的iCMS和CIMP分类的CRCs的表观遗传学基础。

2024-03-12

研究人员利用光催化邻近标记技术揭示应激颗粒转录动态变化

应激颗粒是在胁迫条件下形成的动态结构,通常认为其中包含翻译被抑制的RNA以及翻译元件,并可在刺激消失后解聚,是细胞内典型的无膜细胞器。

2023-12-04

蓖麻胚乳基因印记的表观调控机制研究获进展

被子植物特有的双受精事件产生了三倍体的胚乳(两份母源基因组和一份父源基因组,2m:1p),为胚的发育和种子的萌发提供了营养,为被子植物在陆地植被中占据主导地位奠定了重要的物质基础。同时,由于胚乳中父母

2023-09-19

大鼠和人类胰岛转录中发现2型糖尿病前期的标志

中国科学院数学与系统科学研究院李雷课题组开发了一种计算方法,对T2D的动物模型Goto-Kakizaki(GK)和对照模型Wistar(WST)大鼠胰岛的时间序列全基因表达谱以及来自捐献者的人类胰岛的

2023-10-11

研究人员开发全基因检测逆转录转座子的新方法

逆转录转座子(Retrotransposons)在大多数物种中都普遍存在,能够通过“复制-粘贴”机制进行大量扩增,在人类基因组中占比超过35%。逆转录转座子可以为创造新的功能基

2023-11-15

Nature Aging:揭示调控灵长类器官衰老的表观转录机制

该研究揭示了三种重要的灵长类器官/组织在生理性衰老过程中的动态m6A修饰变化及其与基因表达稳态的关系,并阐释了METTL3–m6A–NPNT通路维持人类骨骼肌稳态的作用和机制。

2023-04-11

李程/孙育杰/黄粤团队揭示异倍体对染色质空间结构和转录的影响

本研究结合Hi-C、RNA-seq、染色体成像和新生RNA成像技术,探究了异倍体ESC相比正常二倍体ESC在染色质三维结构和基因转录层面的变化。

2024-04-12