Nat Biotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERA-MS，更准确地组装复杂的微生物群落
2019年8月6日讯/生物谷BIOON/---通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配器，它将基于装配的宏基因组聚类与重复识别的精确支架结合在一起，以准确
水库细菌群落分类组成与抗生素耐药功能基因变化过程研究获进展
抗生素自发明以来被广泛使用，曾经被认为是可以治愈任何细菌感染的灵丹妙药。然而，由于多种因素的影响，21世纪以来细菌抗生素抗性（耐药性）问题日益突出，导致抗菌药物治疗失效时有发生，因此抗生素抗性基因被认定为新兴污染物。细菌抗生素抗性虽然是环境中的自然现象，但随着环境中抗生素、重金属和杀菌剂等浓度升高，对抗生素抗性基因的选择压力增大，促进并加速了抗生素抗性基因在环境中的增殖、扩
研究揭示DNA提取方法对浮游生物群落研究结果的影响
浮游生物是湖泊与水库生态系统的重要组成部分，在物质循环、污染物降解和水体自净等方面发挥基础和关键作用。浮游生物具有个体小、丰度高和极其复杂多样的特点，导致其难观测、难定量和难分析。长期以来，浮游生物群落生态研究严重依赖显微观测技术，随着高通量DNA测序技术的发展和应用，微型浮游生物群落的研究迎来了一个崭新的黄金时期。目前，DNA条形码技术已经发展成为研究微型浮游生物群落的常规方法之一。越来越多的研
研究揭示胶林复合系统土壤细菌群落动态特征及其驱动因子
土地利用变化是影响土壤微生物多样性的重要因素之一。农林复合系统作为一种特殊的土地利用方式，目前关于其构建对土壤细菌群落结构和多样性影响方面的研究仍较少，且已有研究多基于单次的表层土壤采样，以致其结论并不一致。因此，亟需开展基于多因素的农林复合系统构建对土壤细菌群落动态响应的相关研究。中国科学院西双版纳热带植物园农林复合生态系统研究组副研究员刘成刚等从时间（季节）和空间（土壤深度）尺度上
研究揭示青藏高原不同生境下甲烷氧化微生物的群落分异
自然湿地是大气甲烷重要的排放源，在自然湿地生态系统中，有高达90%的甲烷在还未释放到大气之前就被好氧甲烷氧化微生物所消耗。因此，甲烷氧化微生物对全球甲烷循环起重要作用。以往的研究主要集中在甲烷氧化微生物群落组成及甲烷原位气体通量观测等方面，然而，在甲烷氧化微生物群落构建过程及共存网络模式方面的研究尚无报道。中国科学院南京土壤研究所褚海燕课题组于青藏高原海北生态试验站采集了三种不同生境（
华北平原麦田土壤微生物群落构建研究取得进展
生物群落如何构建是生态学中的核心问题之一，生态学家对植物的群落构建过程已进行大量研究，然而在微生物群落构建方面的研究则相对滞后。当前，土壤微生物生物地理学主要关注微生物的空间分布格局及其驱动因子，而对不同空间尺度下微生物的群落构建过程研究较少。基于此，中国科学院南京土壤研究所褚海燕课题组于2014年11月在华北平原麦田采集243份土壤样品，样点之间跨度最大为1092公里。利用高通量测序与生物信息分
微生物群落稳定性研究获进展
中国科学院生态环境研究中心中科院环境生物技术重点实验室邓晔研究组，在微生物群落的稳定性机制研究方面取得进展，为微生物多样性与生态系统功能关系的理解提供了新见解，研究结果在线发表在Molecular Ecology上。宏观生态系统中生物多样性和生态系统稳定性的关系理论已讨论多年，但将这一理论应用于微生物生态系统中的适宜性实验较少，原因是环境微生物样本复杂度高、物种多样性高、难以处理。因此，探究群落的
中科院城市环境所在微型浮游生物群落研究方面取得进展
浮游生物是湖库生态系统的主要组成部分，在物质循环、污染物降解和水体自净等方面发挥基础和关键作用。水库微型真核浮游生物（0.2-200 μm）包括原生动物、藻类、低等真菌和小型后生动物等，具有个体微小、种类多样
AJPGLP：食物和抗生素或会改变机体微生物群落 进而诱发肠易激综合征
日前，一项发表在国际杂志the American Journal of Physiology—Gastrointestinal and Liver Physiology上的综述文章中，来自梅奥诊所的研究人员表示，机体胃肠道中微生物群落的改变或许是诱发肠易激综合征（irritable bowel syndrome，IBS）的原因。
揭秘双胞胎肠道微生物群落和肠道免疫力发育的关联
近日，来自华盛顿大学医学院的研究人员对双胞胎从出生到2岁时进行研究发现，双胞胎儿童机体中肠道免疫系统的发育同肠道中数以万亿的微生物菌群的发育是同步的，相关研究刊登于国际著名杂志Nature上，该研究或为理解婴幼儿机体的健康生长发育提供一定思路，同时也为阐明多种机体免疫障碍，比如炎性肠病、食物过敏等疾病的发病机制提供研究基础。