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单细胞和空间转录中环形RNA深度学习算法取得进展

CIRI-deep可以实现多种转录组测序数据中差异剪接环形RNA的可靠预测,并在单细胞及空间水平实现细胞类型特异环形RNA的准确解析,具有广泛的应用场景。

2024-02-21

Nature子刊:诸颖团队开发空间转录语义注释新算法Pianno

在这项研究中,研究团队展示了Pianno在注释各种形状的解剖结构以及病灶和细胞类型方面的卓越性能,这些数据来自不同的空间技术平台。

2024-04-10

科研人员开发表观转录数据聚类框架iMVP

iMVP的开发为RNA编辑修饰研究带来了新的可能性,为科研人员提供了一个更全面、更有效的工具,有望有助于更深入地理解RNA编辑修饰的复杂性和功能。

2023-10-13

研究人员利用光催化邻近标记技术揭示应激颗粒转录动态变化

应激颗粒是在胁迫条件下形成的动态结构,通常认为其中包含翻译被抑制的RNA以及翻译元件,并可在刺激消失后解聚,是细胞内典型的无膜细胞器。

2023-12-04

Nat Aging | 华中科技大学王世宣/栗妍/戴俊揭示人类卵巢衰老的时空转录变化及FOXP1的调控作用

该研究提出了一个时空图谱,系统地描述了在卵巢生命周期的三个代表性阶段人类卵巢衰老的空间原型和细胞异质性:生殖年轻(18-28岁),中年(36-39岁)和老年(47-49岁)。

2024-04-11

大鼠和人类胰岛转录中发现2型糖尿病前期的标志

中国科学院数学与系统科学研究院李雷课题组开发了一种计算方法,对T2D的动物模型Goto-Kakizaki(GK)和对照模型Wistar(WST)大鼠胰岛的时间序列全基因表达谱以及来自捐献者的人类胰岛的

2023-10-11

肿瘤新纪元:从基因向蛋白质再次跃进

泛癌症研究的重点是确定不同癌症的分子特征。该研究扩展了之前以基因组学为中心的泛癌症研究,结合蛋白质组学层来阐明癌症驱动因子的六个关键方面

2023-08-17

Nature Genetics | BANKSY:革命性算法,重塑空间数据分析

随着生物技术的快速发展,空间组学数据的产出呈现爆炸式增长,传统的数据分析方法已难以满足研究的需求。BANKSY算法的开发旨在解决这一问题。

2024-03-05

研究人员开发全基因检测逆转录转座子的新方法

逆转录转座子(Retrotransposons)在大多数物种中都普遍存在,能够通过“复制-粘贴”机制进行大量扩增,在人类基因组中占比超过35%。逆转录转座子可以为创造新的功能基

2023-11-15

李程/孙育杰/黄粤团队揭示异倍体对染色质空间结构和转录的影响

本研究结合Hi-C、RNA-seq、染色体成像和新生RNA成像技术,探究了异倍体ESC相比正常二倍体ESC在染色质三维结构和基因转录层面的变化。

2024-04-12