Oncotarget：一种新型抗体捕获技术或能揭示DNA中G-四联体的蓝图及调节机制
来源：生物谷原创 2024-03-20 14:45
AbC G4-ChIP或能提供一种强大的技术来解析细胞中G-四联体的蓝图及其调节机制，而且其还能用来在全基因组范围内发现DNA二级结构，从而获得可靠的抗体分子。
近日，一篇发表在国际杂志Oncotarget上题为“G-quadruplex landscape and its regulation revealed by a new antibody capture method”的研究报告中，来自印度理工学院等机构的科学家们通过研究利用一种新型的抗体捕捉技术揭示了G-四联体的蓝图及其调节性机制。
G-四联体（G4s，G-quadruplexes）是一种DNA的二级结构，研究人员从体外研究中对DNA G-四联体的理解已经被来自培养细胞的全基因组G-四联体蓝图所补充了。通常来讲，G-四联体的形成被认为依赖于G重复序列，因此其会形成四联体；然而，通过高通量测序所表征的全基因组G-四联体或许就表明，这些结构会新城域大量没有这种典型G4（G-四联体）形成特征的区域，如今研究人员描述了很多G-四联体结合蛋白，但并没有证据表明存在能结合并稳定G-四联体的蛋白质。
一种新型抗体捕获技术或能揭示DNA中G-四联体的蓝图及调节机制
图片来源：Oncotarget (2024). DOI:10.18632/oncotarget.28564
目前研究人员并不清楚在人类细胞中形成的G-四联体中到底有多少是属于蛋白质所结合的，迄今为止用来描述G-四联体蓝图的G-四联体-染色质免疫沉淀（G4-ChIP）方法通常会优先报告与邻近蛋白质相交联的G-四联体，而目前对G-四联体蓝图的理解往往存在一定偏见，因为其并没有通过蛋白质的结合来稳定，而且可能是短暂的，所以有可能会逃脱交联过程。
文章中，研究人员报道了一种新的方案，其能有效地从细胞中捕获G-四联体而不会产生任何偏差，同时还能消除在交联剪切染色质固定后人工形成的G-四联体的检测；而且研究人员还发现，G-四联体很少会在短散在核重复序列（SINEs，short interspersed nuclear elements）中形成。这种方法的一项应用表明，重复结合蛋白CGGBP1的剔除或会增强CGGBP1依赖性CTCF结合位点和链间G/C倾斜转变区域中网状G-四联体的捕获。
研究者表示，AbC G4-ChIP或能提供一种强大的技术来解析细胞中G-四联体的蓝图及其调节机制，而且其还能用来在全基因组范围内发现DNA二级结构，从而获得可靠的抗体分子。综上，本文中，研究人员提出了一种确定G-四联体蓝图的改进型方法，通过应用这种方法，研究人员揭示了核环境的序列属性特异性约束或许能减缓G-四联体的形成。（生物谷Bioon.com）
参考文献：
Subhamoy Datta, Manthan Patel, Chakkarai Sathyaseelan, et al. G-quadruplex landscape and its regulation revealed by a new antibody capture method, Oncotarget (2024). DOI:10.18632/oncotarget.28564
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