Front Immunol：新工具可预测基于T细胞的免疫疗法是否会错误地攻击健康细胞

在一项新的研究中，来自美国休斯顿大学的研究人员努力让T细胞免疫疗法更加安全，他们开发了一种名为CrossDome的工具，该工具结合遗传信息和生化信息来预测T细胞免疫疗法是否可能错误地攻击健康细胞。相关研究结果于2023年6月12日发表在Frontiers in Immunology期刊上，论文标题为“CrossDome: an interactive R package to predict cross-reactivity risk using immunopeptidomics databases”。

基于T细胞的免疫疗法在抗击癌症和传染病方面有着巨大的潜力，因为它们有能力专门靶向病变细胞，包括癌症转移。然而，由于它可能识别健康细胞的未知靶标，这种潜力受到了安全问题的影响。

在一种情形下，科学家们构建了特殊的T细胞，它们被认为靶向一种在称为黑色素瘤的皮肤癌中发现的蛋白。然而，这些T细胞最终也攻击了在一些患者的心脏细胞中发现的一种不同的蛋白。这对心脏造成了严重损害。

论文通讯作者、休斯顿大学计算生物学助理教授Dinler Antunes说，“我们的CrossDome工具有助于预测基于T细胞的免疫疗法的潜在风险。它使用不同类型的信息（称为多组学）的组合来进行预测，并确定这种疗法除了靶向预定的病变细胞之外，是否可能意外地伤害健康细胞。通过分析多种因素，CrossDome为基于T细胞的免疫疗法的安全性提供了新的见解，并可能帮助科学家们开发更安全的治疗方法。”

图片来自Frontiers in Immunology, 2023, doi:10.3389/fimmu.2023.1142573。

为了测试CrossDome的有效性，Antunes和Altunes实验室博士后Andre F. Fonseca用它来预测16个广为人所知的T细胞交叉反应病例中的潜在错误，包括黑色素瘤-心脏损害病例。该工具成功地将一种心脏蛋白确定为T细胞的潜在靶标，在数以千计的其他蛋白中把它列为高风险的候选靶标。

为了加强这些研究结果，Antunes结合了来自不同功能数据集的信息，以帮助评估某些基因的表达量，以及它们与某种名为HLA的分子结合的可能性，从而引发免疫反应。Antunes说，“这些信息帮助我们决定哪些潜在的非靶标基因值得在实验中测试。”

CrossDome的用户可以是技术用户，也可以是非技术用户。它的功能允许那些知道如何编码的人进行更高级的控制，同时也为那些没有编码经验的人提供了易于使用的界面。（生物谷 Bioon.com）

参考资料：

1. Andre F. Fonseca et al. CrossDome: an interactive R package to predict cross-reactivity risk using immunopeptidomics databases. Frontiers in Immunology, 2023, doi:10.3389/fimmu.2023.1142573.

2. New tool predicts if immunotherapy will mistakenly attack healthy cells
https://medicalxpress.com/news/2023-06-tool-immunotherapy-mistakenly-healthy-cells.html