香港理工大学副教授Gilman Kit Hang Siu 研究团队：纳米孔测序分析香港第三波疫情或由外地输入
来源：NanoporeTechnologies 2020-11-17 12:37
7月初起，中国香港特区出现第三波新冠病毒大规模传播。7月底，香港文汇报、轻新闻、icable TV、now TV等多家媒体报道：香港理工大学副教授Gilman Kit Hang Siu（萧杰恒）研究团队基于纳米孔测序技术，对26名病人病毒样本进行SARS-CoV-2溯源研究，发现确诊感染者体内的病毒株属同类（“G型病毒株”的变种“GR型病毒株”）
7月初起，中国香港特区出现第三波新冠病毒大规模传播。7月底，香港文汇报、轻新闻、icable TV、now TV等多家媒体报道：香港理工大学副教授Gilman Kit Hang Siu（萧杰恒）研究团队基于纳米孔测序技术，对26名病人病毒样本进行SARS-CoV-2溯源研究，发现确诊感染者体内的病毒株属同类（“G型病毒株”的变种“GR型病毒株”）存在微小差异，揭示出香港第三波疫情很可能是由输入型个案引起，在香港演变出多条传播链：其中一条传播链的病毒基因序列几乎一模一样（涉及19名确诊者样本），大都涉及大规模感染群体，且覆盖香港多区；另一条传播链位于香港铜锣湾一带；第三条传播链则涉及香港西贡某村居民，目前暂未找到源头。
3月，GilmanKit Hang Siu教授利用纳米孔测序，对2月底香港50名患者样本（占总病例53.8%）进行全基因组测序和流行病学分析，以帮助确定COVID-19在香港本地的传播进化速率和时间，系统发育分析表明：42例病毒序列(84.0%)聚成6簇，44例（88%）发生常见突变Orf3a G251V，这与与流行病学调查一致。与全球的病毒序列进行系统发育树比对分析还显示，香港大部分病例(88.0%)与来自其他国家的毒株聚集在两个分支。COVID-19在香港爆发的最近共同祖先(tMRCA)的时间估计为2019年12月24日，进化率为3.04x103/位点/年，2020年2月28日的再生系数为1.84，为香港的病毒进化溯源、病毒变异、流行病学调研和防控等提供依据。研究成果发表在预印版杂志《medRxiv》上：(生物谷Bioon.com）
【直播预告】纳米孔测序在人类遗传学和罕见病研究中的应用
【日期】2020/11/19 15:00
http://count.medsci.cn/link/redirect/199d0462698595ba
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