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NEJM:425例中国2019-nCoV肺炎病例的早期传播动力学特征和流行病学特征

来源:肺癌前沿 2020-01-30 11:59

1月29日,来自中国多家多家疾控中心联合中国香港大学李嘉诚医学院公共卫生学院的联合署名作者在新英格兰杂志上发表了第一项包含425例2019-nCoV病毒感染相关肺炎的流行病学和传播动力学特征数据。

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该报道收集了截至2020年1月22日已报告的实验室确诊NCIP(新型冠状病毒相关肺炎)病例的人口统计学特征,接触史和疾病时间表的信息。描述了病例的特征并估算了主要的流行病学时延分布。在指数增长的早期,我们估计了疫情的倍增时间和基本增殖速率。

 结果 在前425名确诊NCIP的患者中,中位年龄为59岁,男性为56%。到2020年1月1日之前发病的大多数病例(55%)与华南海产品批发市场有关,而随后的病例为8.6%。平均潜伏期为5.2天(95%置信区间[CI]为4.1至7.0),分布的第95个百分位数为12.5天。

在早期阶段,该流行病每7.4天增加一倍。平均连续间隔为7.5天(95%CI,5.3至19),基本增殖速率估计为2.2(95%CI,1.4至3.9)。

结论 根据这些信息,有证据表明自2019年12月中以来在亲密接触者之间已经发生了人与人之间的传播。如果在其他地方应用类似的传播动力学特征,则将需要做出很大的努力来减少传播,以控制更大规模的暴发。应在有危险的人群中采取预防或减少传播的措施。(由中国科学技术部等资助)

中国武汉首批确诊的425例新型冠状病毒(2019-nCoV)感染的肺炎(NCIP)病例中的疾病发作特征。图1

确诊病例定义为以下至少三种方法之一对呼吸道标本进行2019-nCoV阳性检测的病例:分离2019-nCoV或通过实时逆转录聚合酶检测至少两项阳性结果链反应(RT-PCR)检测2019-nCoV或与2019-nCoV匹配的基因序列

通过三种方法之一从患者的支气管肺泡灌洗液样本中鉴定出基因组:Sanger测序,Illumina测序或纳米孔测序。

下呼吸道感染,咽拭子或可能假阴性?

通过分析12月10日至1月4日期间发病病例的数据来估算疫情的增长速度,因为我们预计在12月13日武汉疫情正式宣布之后,发现的感染比例将很快增加。带有人畜共患病感染的模型(通过使用更新方程式来计算)来确定与华南海产品批发市场没有联系的发病日期,并且我们使用此模型来得出流行病的增长率,流行病的倍增时间和基本繁殖数( [R0),这是指在未感染人群中,一个病例在其传染期内平均会产生的额外病例的预期数量。我们基于SARS的序列间隔使用了信息性的先验分布作为序列间隔,平均值为8.4,标准偏差为3.8。使用MATLAB软件(MathWorks)进行潜伏期,连续间隔,生长速率和R 0的分析。使用SAS软件(SAS Institute)和R软件(R Foundation for Statistics Computing)进行了其他分析。

流行病的发生跟着病例的呈指数增长,最近几天的下降很可能是由于对最近发作的病例的不确定性以及鉴定和报告的延迟,而不是发病率的真正拐点(图1)。具体而言,曲线的后半部分并不表示事件案例数量的减少,而是由于截止日期之前确定案例的时间延迟。考虑到随着时间的推移,检测试剂盒的可用性和使用量会增加,因此在解释1月份病例增长速度时应格外小心。

大多数最早的病例包括据报告曾接触过华南海鲜批发市场,但从12月下旬开始,非关联病例的数量呈指数增长。

截止到2020年1月22日武汉市新冠状病毒感染的肺炎患者的特征:表1

我们检查了10例确诊病例的暴露数据,估计平均潜伏期为5.2天(95%置信区间[CI]为4.1至7.0);分布的第95个百分位数为12.5天(95%CI,9.2至18)(图2A)。我们获得了有关5个案例集群的信息,如图3所示。

根据这些集群中6对病例的发病日期,我们估计连续时间间隔分布的平均(±SD)为7.5±3.4天(95%CI,5.3至19)(图2B) 。在截至2020年1月4日的流行曲线中,流行增长率为每天0.10(95%CI,0.050至0.16),而倍增时间为7.4天(95%CI,4.2-14)。使用上面的序列间隔分布,我们估计R 0为2.2(95%CI,1.4至3.9)。

425例病例中几乎有一半发生在60岁以上的成年人中。

文章估计R0约为2.2,这意味着平均每个患者将感染传播给2.2个其他人。一般而言,只要R,n流行病就会增加0 大于1,控制措施旨在将增殖速率减少至小于1。

将R 0 SARS的估计为约3,和SARS暴发成功地被隔离患者和小心控制感染控制。就NCIP而言,控制方面的挑战包括许多轻度感染的明显存在14以及隔离病例和隔离其亲密接触者的资源有限。我们对R0的估计仅限于1月4日之前的时期,因为对疫情的意识增强以及最近几周来检查的可用性和使用率提高,将增加确定的感染比例。武汉市以及后来该国其他地区以及海外的后续控制措施可能降低了传播能力,但在国内其他地方和世界范围内发现的病例数量不断增加,表明该流行病仍在继续蔓延。

在此阶段,武汉市大约每7.4天NCIP病例的数量就增加一倍。

在第一波流行病之后的血清学调查将澄清这个问题。尽管已检测到卫生保健工作者中的感染,但这一比例没有SARS和MERS爆发时高。SARS和MERS暴发的特征之一是传播的异质性,尤其是超级传播事件的发生,尤其是在医院获得性感染的爆发。

尚未在NCIP甄别出这种超级传播事件,但随着流行病的发展,这可能成为一个特征。

保护医护,做好防护,他们是第一道用血肉之躯筑起的长城。因为希波克拉底宣言,他们怀着恐惧,把自己逼成了“神”。

关键事件发生时间分布

1月1日之前发病的45名患者从发病到首次就诊的持续时间估计平均为5.8天(95%CI,4.3至7.5),与1月1日之间的207名发病的患者相似。1月1日和1月11日,平均为4.6天(95%CI,4.1至5.1)(图2C)。

在1月1日之前发病的44例患者中,从发病到入院的平均持续时间估计为12.5天(95%CI,10.3至14.8),比1月1日至11日之间的189例发病的平均时间更长(平均9.1天;95%CI:8.6到9.7)(图2D)。

我们没有为1月12日或之后发病的患者绘制这些分布图,因为尚未发现那些近期发病且病程较长的患者。

 发病后2天内有27%的患者就诊,因此延误住院的时间要长得多,其中89%的患者至少要等到疾病第5天才住院(图2)。 

这表明在疾病的早期阶段难以识别和隔离病例。可能有必要投入大量资源在门诊诊所和急诊科进行检测,以主动发现病例,这是在没有局部扩散的地区进行遏制策略的一部分,并且可以尽早进行病例的临床管理。这种方法还将提供有关亚临床感染的重要信息,以更好地评估严重程度。

我们对潜伏期分布的初步估计提供了重要的证据,可以为暴露者提供14天的医学观察期或隔离。我们的估算是基于10个案例的信息,因此有些不准确;重要的是,进一步研究以提供有关此分布的更多信息。当可以获得更多有关NCIP流行病学特征的数据时,将其与SARS和MERS的相应特征以及人类中四种流行的冠状病毒进行详细比较将是有益的。我们的研究遭受了对新出现的新型病原体感染的初步调查通常存在的局限性,尤其是在早期阶段,当时人们对疫情的任何方面知之甚少,并且缺乏诊断试剂。为了提高早期发现和诊断的敏感性,在病例识别中考虑了流行病学历史,一旦获得更多信息,就不断对其进行修改。。在1月11日向武汉提供PCR诊断试剂后,可以更轻松地确定已确诊的病例,这有助于我们缩短病例确认的时间。此外,病例检测的最初重点是肺炎患者,但我们现在了解到,有些患者可能会出现肠道症状,并且还报告了儿童的无症状感染。可能已漏诊了具有非典型症状的早期感染,并且在确诊病例中可能未确定轻度的临床严重感染。

该报道没有关于疾病严重程度的详细信息,无法纳入此分析。

原始出处:

Q Li et al. N Engl J Med 2020. DOI: 10.1056/NEJMoa2001316

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