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秀丽线虫长链非编码RNA研究取得进展

来源:中国科大 2019-02-09 15:42




近期,中国科大单革教授实验室发表文章,报导了其实验室最新的研究成果。单革实验室在2017年发表的Developmental Cell文章基础上,于Genome Biology发表了题为《Systematic evaluation of C. elegans lincRNAs with CRISPR knockout mutants》的文章,报导通过优化的CRISPR-cas9 系统对秀丽线虫中155个基因间的长链非编码RNA(lincRNA)进行逐一敲除(秀丽线虫已知的全部lincRNA共170个),系统地研究了秀丽线虫中lincRNA的功能。这也是第一篇在多细胞动物中利用CRISPR-cas9技术、在全基因组水平上、对一种特定类型长非编码RNA进行敲除并系统分析其生理功能及功能机理的研究。对155个lincRNA敲除突变体进行六个方面表型的筛选发现23个lincRNA突变体分别在其中一个或者两个生理表型上具有不同程度的缺陷。通过对秀丽线虫不同发育时期的转录组测序进行分析,作者研究了lincRNA 和mRNA共表达情况,同时建立了lincRNA和microRNA共表达及调控网络。通过对秀丽线虫不同发育时期近300个转录因子的ChIP-seq分析来探究转录因子在线虫不同发育阶段对lincRNA的调控,进而研究了这23个lincRNA行使其生理调控功能的机理。本研究系统地探索了lincRNA在多细胞动物中的生理功能,一定程度拓宽了lincRNA研究领域,同时该研究获得的lincRNA敲除线虫株为后续进一步研究长链非编码RNA在衰老和疾病等中的作用提供了有力支持。文章的共同第一作者是博士生卫帅、博士后陈禾、以及国际学生Emmanuel Enoch Dzakah(最近已博士毕业)。

该研究得到了科技部、国家基金委、以及中科院“衰老的生物学基础和干预策略”先导科技专项(培育)的经费支持。(生物谷Bioon.com)

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