新功能、新界面、新体验,扫描即可下载生物谷APP!
首页 » 基因治疗 » 中国生物工程学会、中科院微生物所联合举办“微生物组研究及数据分析专题培训班”的通知

中国生物工程学会、中科院微生物所联合举办“微生物组研究及数据分析专题培训班”的通知

来源:生物谷 2018-04-23 16:54

为推动我国微生物组学的发展,提高从业人员的技术水平,更好地促进专家学者们在研究中的分享和交流,由中国生物工程学会生物技术与生物产业信息工作委员会、中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心主办,中国科学院人才交流开发中心、北京中科创嘉人力资源咨询有限公司承办“微生物组研究及数据分析专题培训班”将于2018年5月31-6月3日在中科院微生物所举行。培训班将采用理论和实际案例分析相结合的教学形式,使学员在短时间内对微生物组学研究中涉及的知识和方法得到迅速提升,同时学员与授课专家进行现场交流与咨询,探讨在平时工作、研究中的瓶颈问题,以拓宽自己的研究思路,共同挖掘微生物资源的研究价值和应用前景。

本次培训班邀请了中国科学院微生物研究所朱宝利研究员(“百人计划”入选者、国家973项目首席科学家),中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心主任马俊才,中国科学院微生物研究所王军研究员(国家“千人计划”(青年项目)入选者),中国科学院北京基因组研究所胡松年研究员,中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员(“百人计划”入选者、优青基金获得者),以及来自中国科学院武汉病毒研究所的刘翟研究员(国家“万人计划”青年拔尖人才入选者)等业内专家亲自授课。

课程详情和报名http://www.biotech.org.cn/m/analysis2017 

微生物组研究及数据分析专题培训班自开办以来,已成功举办一系列班次,受到了专家和学员们的一致好评。

往期回顾:


中国科学院微生物研究所朱宝利研究员


中国科学院微生物所网络信息中心主任马俊才


中国科学院微生物研究所刘翟研究员


培训班现场

 

本次课程内容:

 

培训内容

一、微生物组学研究趋势与方法

1、单菌不同水平(如DNA、RNA、蛋白等)的研究趋势和方法

2、如何利用这些组学研究的内容

二、序列组装和功能分析---DNA水平

1、如何利用和比较illumina和454数据在序列组装上的优缺点。

2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞

3、基于组装好的序列进行组分(基因、功能元件、非编码RNA等)和功能分析

4、微生物分析内容和方法

5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究

三、微生物基因组

1、微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题

2、 微生物群落和宏(元)基因组学

2.1 微生物群落的动态平衡

2.2 人体微生物群落特征

2.3 微生物群落和疾病

3、病原菌泛基因组学和进化研究

3.1 微生物基因组的特征

3.2 基因相互作用网络的结构

3.3 生态环境与种群基因组进化

4、病原菌转录组和单细胞研究

4.1 单细胞研究的必要性和需要注意的问题

4.2 病原菌在压力条件下,单细胞的基因表达和调控

        5、从微生物基因组学的角度理解病原菌致病性

5.1 致病菌的基因组特征和进化

5.2 微生物群落对致病菌的控制作用

5.3 环境因素诱导基因表达对致病性的影响

四、 高通量时代的宏基因组学研究

1. 应用于宏基因组学研究的 NGS 平台

          1.1 Roche/454 GS FLX Titanium

          1.2 HiSeq 2000

          1.3 PacBio RSII

2. 实验流程

          2.1实验设计

          2.1.1 Amplicon-based: 细菌 16S rRNA,古菌 16S rRNA,真菌 ITS, 真菌 18S

          2.1.2Whole meta-genome or whole meta-transcriptome

          2.2 建议测序量

          2.3样本采集流程,水体、粪便、肠道内容物、土壤、物体表面、口腔

3. 生物信息学分析结果解析

          3.1 测序结果评估,数据统计、OUT 聚类、稀释性曲线(Rarefaction curve),指数分析(Alpha-diversity)、OUT 分类学分析(Taxonomy)

3.2 群落结构及丰度分析:Shannon index 曲线、Rank_abundance 曲线、样本群落组成 分析、样品 OUT 分布 Venn 图、Heatmap 图、PCR 主成分分析

3.3 分类学和进行关系分析:系统发生进化树、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA

4  生物信息学数据分析工具

          4.1序列质量控制(quality control): fastqc

          4.2序列组装(Metagenomic assembly tool): MetaVelvet; Meta-IDBA; Genovo; Bambus 2

          4.3 Short read alignment and mapping to reference genome: Bowtie; BWA; SOAP3; mrsFAST

          4.4 多样性分析(Microbial diversity analysis): MLST; Axiome; PHACGS

          4.5 功能注释(Functional annotation): RAMMCAP

          4.6 基因注释( Gene annotation/gene calling ) : FragGeneScan; MetaGeneMark; MetaGeneAnnotator

          4.7 聚类(Binning): TETRA; MetaCluster; Phymm

          4.8 一站式服务器(Automated platforms/servers for comparative and functional

analysis): MG-RAST; MEGAN 4; CAMERA; GALAXY

5  宏基因组勘探(Prospecting metagenomes):

5.1  Substrate induced gene expression (SIGEX)

5.2  Metabolite regulated expression (METREX)

          5.3  Product induced gene expression (PIGEX)

6  案例分析,大型宏基因组项目

6.1  Human microbiome

6.2  Earth Microbiome

温馨提示:87%用户都在生物谷APP上阅读,扫描立刻下载! 天天精彩!


相关标签

最新会议 培训班 期刊库