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叶绿体比较基因组学研究取得进展

来源:西双版纳热带植物园 2018-04-07 08:37






樟科油丹属树种木材质优,国际市场上的商品名为“medang”,和楠木树种的亲缘关系较近。以往的分子系统学研究表明油丹属为复系类群,但与润楠属、鳄梨属和楠属等的系统关系尚不明晰。

近日,中国科学院西双版纳热带植物园生物多样性研究组以分布于印度南部的油丹模式种Alseodaphne  semecarpifolia  Nees和分布于我国云南的极危种细梗油丹(A. gracilisKosterm)、黄连山油丹(A.huanglianshanensis  H. W. Li & Y. M. Shui)为实验材料,通过二代测序技术完成了叶绿体基因组全覆盖测序。

通过比对发现,樟科油丹属植物的叶绿体基因组大小约为153kb,比近缘属润楠属、鳄梨属及楠属植物的叶绿体基因组大,比土楠属植物的叶绿体基因组小。差异主要源自连接单拷贝区和反向重复区的两个基因ycf1和ycf2。两基因的长度变化造就了反向重复区的缩减和扩张,直接影响叶绿体基因组的大小。在油丹的整个叶绿体基因组上,聚集突变位点最多的区域分别是trnG-UCC、ndhF-rpl32、rpl32-trnL和ycf1,而传统系统分析序列上的突变位点则较为少见,是先前用于樟科系统学研究的叶绿体基因片段在种属级别上缺乏分辨力的原因。利用叶绿体基因组序列构建的十二种樟科植物的系统进化树进一步确认了樟科内部由油丹属、楠属、鳄梨属和润楠属构成的单系属群。

相关研究成果以Complete plastid genome sequences of threetropical Alseodaphne trees in the family Lauraceae为题发表在Holzforschung上。该研究得到了中科院东南亚生物多样性研究中心和“西部之光”计划等的资助。(生物谷Bioon.com)

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