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Cell:大规模RNAi筛选鉴定出对癌症重要的基因

来源:本站原创 2017-08-05 15:19


图片来自Cell, doi:10.1016/j.cell.2017.07.005

2017年8月5日/生物谷BIOON/---在一个新的研究中,研究人员在癌症中开展大规模的RNAi筛选,在将近400个人癌细胞系中系统性地抑制7800多个基因,从而为多种类型的癌症鉴定出潜在新的治疗靶标。这为会癌症患者治疗产生影响。相关研究结果发表在2017年7月27日的Cell期刊上,论文标题为“Project DRIVE: A Compendium of Cancer Dependencies and Synthetic Lethal Relationships Uncovered by Large-Scale, Deep RNAi Screening”。论文通信作者为美国诺华生物医学研究所的E. Robert McDonald和Tobias Schmelzle。这项研究是DRIVE计划(Project DRIVE)的一部分。

在这项研究中,这些研究人员使用了一种被称作癌细胞系百科全书(cancer cell line encyclopedia)的功能性工具。这种工具是由诺华生物医学研究所与布罗德研究所在几年前合作开发出的,它收集了1000多种不同的细胞系,并且记载了它们的突变和基因表达等分子特征。

这些研究人员试图对癌症基因组进行功能性标注。他们最初对癌症基因组中的突变和基因表达进行描述,但是这并不能告诉人们每种类型的癌症在乎哪些基因。这就是DRIVE计划想要鉴定出的。因此,在一种特定的癌症(比如黑色素瘤)中,黑色素瘤在乎哪些基因,这些基因与肺癌在乎的基因是相同的还是不同的。

最好的情形就是对癌症基因组进行筛选,但是对这些研究人员而言,真正重要的是深入地分析每个基因的短发夹RNA(shRNA)。对每个基因而言,他们有20个shRNA。鉴于每个基因有如此多的试剂,他们不得不对他们列入的基因进行一些挑选,比如发生突变的癌基因。他们也研究了哪些基因在癌细胞系百科全书中表达。他们最终希望这有助人们开发出新的靶向药物。

这些研究人员还研究了通常比较复杂的合成致死性(synthetic lethality)。合成致死性指的是,一组基因的缺乏会导致麻烦产生,但是单独地抑制这些基因中的任何一种并不会产生什么影响。(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

E. Robert McDonald, Antoine de Weck, Michael R. Schlabach et al. Project DRIVE: A Compendium of Cancer Dependencies and Synthetic Lethal Relationships Uncovered by Large-Scale, Deep RNAi Screening. Cell, 27 July 2017, 170(3):577–592, doi:10.1016/j.cell.2017.07.005

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