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Nat Methods:新型基因组工具CITE-seq或能实现单细胞大规模多维度分析

来源:本站原创 2017-08-02 22:29

2017年8月3日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature Methods上的研究报告中,来自纽约基因组研究中心(NYGC)的研究人员通过研究开发了一种新技术,或能帮助推动单细胞RNA测序的进程,单细胞RNA测序是基因组研究的重要领域,其能够帮助研究人员深入解读单细胞的特性,同时还能够帮助有效区分不同的细胞类型,以及在单细胞水平下研究多种人类疾病的发病机制。

图片来源:New York Genome Center

这种名为CITE-seq(Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing,通过测序来进行转录组和表位的细胞索引技术)的新型测序技术能够对数千个单细胞的表面蛋白标记物进行测定,同时还能够对相同单细胞中的信使RNA进行测序。如今研究人员正在对该技术进行概念验证研究,他们结合转录组学技术,对8000个单细胞表面的10种表面蛋白进行了监测,截至目前为止,这项研究是对单细胞进行的最大规模且多维度的分析。

研究者Marlon Stoeckius博士表示,并没有其它方法能够让我们在同一尺度下同时对细胞的蛋白质及转录组学特性进行测定;而CITE-seq已经能够为转录组学分析建立新的方法,同时并不会对所产生的数据的质量产生不利的影响。此前的研究方法主要依赖于在进行单细胞RNA测序之前利用细胞计数法来捕捉单细胞的蛋白质信息,而当前的方法吞吐量较低,而且受限于相对较少的蛋白质标记物。

CITE-seq技术的蛋白质检测组分基于DNA条形码抗体,其能够产生排序的读数,而且还能够同时将细胞的转录组学信息捕获,该技术所产生的蛋白质和RNA数据的整合通常需要进行定制化的数据分析。研究者表示,以CITE-seq技术为例进行研究,我们就能够利用多通道数据来鉴别出自然杀伤细胞(NK细胞)的亚群,而通常仅利用转录组学研究很难对自然杀伤细胞的亚群进行区分。

CITE-seq技术能够精细化分析细胞群体的能力将会使其在研究领域具有更多的应用价值;最后研究者Stoeckius说道,未来一种可能性的研究方向就是在肿瘤样本中利用CITE-seq技术来检测单一的肿瘤细胞以及能够浸润肿瘤组织的多种不同的免疫细胞池;这项新技术或能用于对肿瘤异质性的深度特性分析,当然其或许还能够推动免疫治疗领域的进展,比如新型肿瘤免疫疗法的开发等。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Marlon Stoeckius,Christoph Hafemeister,William Stephenson,et al. Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells. Nature Methods (2017) doi:10.1038/nmeth.4380 

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