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Science:科学家开发出效率明显优于其它方法的新型全基因组扩增方法

来源:生物谷 2017-04-20 17:37

图片来源:www.phys.org

2017年4月19日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,刊登在国际杂志Science上的一项研究报告中,来自哈佛大学的研究人员通过研究开发出了一种新型的全基因组扩增方法,这种方法优于当前使用的其它基因组扩增方法;在这项研究报告中,研究者对这项技术进行了描述,同时阐明了这项技术如何用于测定人类细胞暴露紫外辐射后所出现的单核苷酸改变。

随着科学家们不断完全深入理解机体的基因组,新型的研究工具也在不断诞生,其中一种研究就是探究人类机体近乎一样的细胞之间的差异,比如胚胎细胞等,每个细胞都有自身独特的基因组,甚至在相同的有机体中都是这种情况;此前研究中,研究者开发出了能够放大细胞间差异的工具,这不仅能够帮助更好地理解基因组工作的原理,还具有一定的实际应用;其中研究者就开发了一种名为MALBAC的工具来研究并且测定单一细胞间的遗传改变,其能够在体外受精中对胚胎进行筛查,但研究者指出,这种技术往往也受限于等位基因的丢失,而这常常会限制他们了解单核苷酸突变的过程。

这项研究中,研究人员发现了一种新方法来改善MALBAC工具,这种改进版的工具名为LIANTI(Linear Amplification via Transposon Insertion,通过插入转座子来实现线性扩增),该工具有千个碱基的分辨率。LIANTI能够通过利用研究者所设计的转座子来破碎细胞遗传物质,转座子就是一种特殊的DNA片段,其能够改变在基因组中的位点,这种新型工具有19个碱基对长的转座子结合位点以及单链的T7启动子环状结构,转座子能够为该工具携带特殊的其中自,而启动子就能够用来对下游的DNA进行扩增,从而产生出用于测序的文库,早期研究结果表明,这种工具优于目前研究者所使用的工具。

最后研究者将人类细胞暴露于紫外线下检测了这种新型技术的作用机制,随后对细胞所发生的改变进行了测定,这种新方法对基因组的覆盖率能够达到97%,这要比其它技术覆盖率高很多。(生物谷Bioon.com)

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原始出处:

Chongyi Chen, Dong Xing, Longzhi Tan, et al. Single-cell whole-genome analyses by Linear Amplification via Transposon Insertion (LIANTI). Science (2017). DOI: 10.1126/science.aak9787.

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