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Nat Genet:单细胞分析解开结直肠癌细胞的神秘面纱!

来源:生物谷 2017-03-23 07:39


2017年3月23日讯 /生物谷BIION /——结合单细胞基因组学和计算机技术,一个研究团队(包括来自杰克逊实验室(JAX)单细胞生物学主任Paul Robson博士在内)鉴定出了11种结直肠癌肿瘤的癌细胞组成及邻近的非癌细胞,这对于更好的肿瘤靶向诊断和治疗很重要。

“使用单细胞测序。”JAX科学家、这篇发表在Nature Genetics上的文章共同第一作者Elise Courtois说道,“我们可以根据肿瘤中的细胞组成将结直肠癌进一步分类。因为每种亚型的肿瘤病人生存率存在差别,我们的方法将为肿瘤医生提供更多的关于肿瘤预后和治疗的信息。”

肿瘤基因组测序的进步促进了肿瘤亚型的分类,引导了更精确的癌症治疗,提高了病人生存率。然而肿瘤通常由一系列肿瘤细胞和肺肿瘤细胞组成,这些细胞都促进了肿瘤的生物学发展。

迄今为止,肿瘤基因表达都是通过大转录组方法进行表征,提供的信息代表了许多种类细胞的表达状况。通过使用单细胞转录组分析技术,研究人员现在可以将肿瘤组织分成不同的成分进行分析,因此能够更深入地了解背后复杂的生物学机制。

Robson和论文共同通讯作者Shyam Prabhakar(新加坡基因组研究所计算生物学家)、Iain Beehuat Tan(新加坡国家癌症研究中心临床肿瘤学医师)一起领导了这项研究,他们通过单细胞RNA测序技术分析了从结直肠癌及其周围组织随机选择的626个细胞,并采用计算机通过新算法检测每个细胞的转录组。研究人员发现了两种独特的肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)。这些CAFs显著地促进了间质细胞基因组表达,这通常与一个叫做上皮间充质转化的癌细胞过程相关。他们的数据显示CAFs可能导致结直肠癌病人预后更差。

Robson认为这些发现在未来进一步细分结直肠癌及其它癌症具有应用价值。“同时由于单细胞转录组分析的成本在不断下降,肿瘤医师能够更好地进行肿瘤表征,以指导肿瘤病人的治疗。”(生物谷Bioon.com)

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原文出处:

Paul Robson et al.Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors, Nature Genetics, nature.com/articles/doi:10.1038/ng.3818

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