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2017年2月24日Science期刊精华

  1. PSMα3
  2. Science
  3. 抗生素
  4. 气味
  5. 蛋白激酶
  6. 金黄色葡萄球菌

来源:生物谷 2017-02-27 12:02

本周又有一期新的Science期刊(2017年2月24日)发布,它有哪些精彩研究呢?让小编一一道来。

图片来自Science期刊。

2017年2月26日/生物谷BIOON/---本周又有一期新的Science期刊(2017年2月24日)发布,它有哪些精彩研究呢?让小编一一道来。

1.Science:重大突破!利用人工智能鼻子预测分子的气味
doi:10.1126/science.aal2014

在你看到一种颜色之前,你能够仅根据光的波长预测它。音乐无需亲耳听见而能够仅根据乐谱上的音符加以理解。但是气味不是这样的。辨别一种东西闻起来像是玫瑰味、松脂味、汽油味还 是海风般清新的唯一方法是闻它。

一项新的研究让我们的最为神秘的嗅觉变得更加可预测一些。由美国洛克菲勒大学的研究人员启动的一个项目利用众包策略设计出一种数学模型,这种模型能够预测一种分子产生的气味。

在这项新的研究中,Vosshall研究了人类和昆虫的气味感知(odor perception)。作为这项研究的一部分,她和来自她的实验室的研究员Andreas Keller着手探究分子和它们产生的气味之间 存在的关联。

为了获得他们需要的数据,他们要求49名志愿者闻一闻一组精心挑选的分子,每种分子装在一个小瓶子里。可能存在的气味数量几乎是无止境的---尽管人类感知光线和声音的限制是大家熟知 的,但是还没有为气味建立这样的边界。因此,在探究我们的嗅觉的全部范围的努力中,Keller收集了476种不同的分子,它们中的很多分子之前从没有在嗅觉研究中接受过测试。

总之,这项研究产生100万多个数据点。这些研究人员随后寻求将这些气味感知信息与200万多个描述这些气味分子化学特征(如它们含有的硫原子数量)的额外数据点相关联在一起。它利用 众人的智慧解决这个问题。

来自全世界的研究机构和公司的22个精通计算的志愿者团队参加DREAM嗅觉预测挑战(DREAM Olfaction Prediction Challenge)。这种DREAM挑战是由美国IBM公司托马斯-沃森研究中心主任 Pablo Meyer组织的。利用Vosshall和Keller的气味评分,即迄今为止收集到的最大的数据集之一,这些团队设计出能够“学着”依据一种分子的化学特征预测它的气味属性的算法。

最好的解决方法并没有出现在任何单个模型中。为了利用众人的智慧,DREAM挑战通常将每个人提交的模型合并到一个综合模型(aggregate model)中。这个综合模型经常要比任何单个模型 更加强大。

在DREAM挑战结束时,这些研究人员利用他们拥有的对69种分子的评分测试了这种综合模型的性能。将气味属性与分子匹配在一起的完美分数是1.0;这种综合模型得分为0.83,显著好于之前 为解决这个问题作出的任何尝试。

尽管这种气味预测模型迄今为止并不完美,但是它为寻找高效地配制玫瑰香味等气味的方法的香水化学家开辟了新的可能性。它也为气味感知的非常复杂的生物学特征提供新的认识。没有人 充分地理解当气味分子飘进鼻子,转化为传送到大脑中的电信号时,到底发生了什么。

2.Science:重磅!细菌先休眠再快速进化产生抗生素耐药性
doi:10.1126/science.aaj2191; doi:10.1126/science.aam7926

科学家们之前已证实细菌能够在抗生素存在下存活下来的一种方式是进化出一种“定时器(timer)”,从而确保它们在整个抗生素治疗期间保持休眠。但是当它们苏醒时,抗生素仍然会杀死 它们,因此一种简单的解决方法是更长时间地持续开展抗生素治疗。

如今,在一项新的研究中,来自以色列耶路撒冷希伯来大学的研究人员报道了细菌进化出耐药性的一种令人吃惊的替代性途径。在进化出这种休眠机制后,这些细菌群体随后能够比正常时快 20倍地进化出耐药性。因此,继续服用抗生素并不会杀死这些细菌。

为了研究这个进化过程,由来自耶路撒冷希伯来大学拉卡物理学研究所的Nathalie Balaban教授和博士生Irit Levin-Reisman领导的一个研究团队在实验室可控条件下,让细菌群体接触日剂 量的抗生素直到耐药性产生。通过在这个进化过程中追踪这些细菌,他们发现致死性的抗生素剂量产生暂时休眠的细菌,因此让它们免受几种靶向活跃生长的细菌的抗生素攻击。一旦细菌获 得休眠的能力(也被称作“耐受性”),它们快速地获得耐药性突变,从而能够克服这种抗生素治疗。

这些结果表明在重复地接触高浓度抗生素的情形下,耐受性(tolerance)可能在细菌群体进化出耐药性中发挥着至关重要的作用。关键的因素是鉴于存在大量可能发生的突变,耐受性因而会 快速地产生;耐药性和耐受性的组合效应导致在耐受性的基础上,产生部分耐药性突变。

这些发现可能对开发新的抗生素产生重要的影响,这是因为它们提示着利用也能够靶向耐受性细菌的药物可能会延迟进化出耐药性。

3.Science:首次发现血细胞突变与动脉粥样硬化产生相关联
doi:10.1126/science.aag1381; doi:10.1126/science.aam7939

一项新的研究首次支持老年人血细胞中相对比较常见的突变与动脉粥样硬化存在关联。

在这项新的研究中,来自美国波士顿大学医学院的研究人员研究了体细胞DNA突变和动脉粥样硬化是否存在直接的关系。他们构建出一种实验模型来研究作为老年人血细胞中经常发生突变的多 种基因中的一种基因,TET2如何影响斑块产生。在这些接受缺乏TET2的骨髓细胞移植的模型当中,斑块加快产生,而且可能是通过动脉壁中增加的巨噬细胞触发的炎症导致的。这些研究结果 进一步证实一种假设:造血细胞突变是发生动脉粥样硬化的原因。

论文通信作者、波士顿大学医学院医学教授Kenneth Walsh博士说,“我们的研究证实我们的白细胞中的突变是随着我们衰老时获得的,它们可能导致心血管疾病。理解心血管疾病的这种新机 制可能导致开发出新的疗法来治疗因这些突变导致的心脏病和血管疾病。再者,鉴于这些突变在人到中年时开始变得普遍,这些研究提示着对血液样品进行遗传分析可能增加当前接受监控的 传统风险因素---高胆固醇、高血压、糖尿病和吸烟---的预测价值。”

4.Science:蜜蜂能通过学习使用工具而且具有强大的临场发挥能力
doi:10.1126/science.aag2360

在一项新的实验中,英国伦敦玛丽女王大学生物学家Olli J. Loukola及其同事们想探究更多关于蜜蜂智力的工作原理。先前的昆虫实验表明,蜜蜂可以计数、使用“摇摆舞”来互相交流,从 而指示食物的方位、拉动绳子以获得食物等等。Loukola的实验则表明,蜜蜂不仅善于使用工具,它们的临场发挥能力也非常强。蜜蜂的行为远比我们意识到的更加灵活、适应性更强。虽然它 们不在日常生活中使用工具来觅食,但在美食的诱惑之下,它们的快速学习能力不容小觑。

5.Science:人DNA引发酶的[4Fe4S]簇起着一种氧化还原开关的作用
doi:10.1126/science.aag1789

DNA能够长程地运送电荷,而且有潜力起着一种信号系统的作用。已知在一些蛋白中发现的铁-硫复合物[4Fe4S]参与氧化还原反应。真核生物引发酶(primase)参与DNA复制,含有它的RNA引物合成活性所需的一个[4Fe4S]簇。Elizabeth O’Brien等人证实这个[4Fe4S]簇能够通过DNA介导的电荷转移调节这个蛋白酶的DNA结合活性。这接着在引物起始和长度确定中发挥着作用。

6.Science:在全蛋白质组水平上分析细胞热稳定性
doi:10.1126/science.aai7825; doi:10.1126/science.aam8036

活的有机体对温度非常敏感,而且这很大程度上归结于它对蛋白结构和功能的影响。Pascal Leuenberger等人利用有限的蛋白裂解和质谱,在全蛋白质组水平上探究了细菌、酵母和人细胞的热稳定性。他们的结果提示着温度诱导的细胞死亡是由一小部分具有关键功能的蛋白丢失导致的。这项研究也对蛋白和蛋白质组稳定性的分子和进化基础提供新的见解。

7.Science:揭示金黄色葡萄球菌PSMα3具有不同寻常的交叉α-螺旋
doi:10.1126/science.aaf4901

细菌分泌的被称作酚可溶性调控蛋白(phenol-soluble modulin, PSM)的肽激活炎性反应,裂解人细胞,并且促进生物膜结构形成。PSMα3是一种由金黄色葡萄球菌分泌的有毒性的长22个氨基酸的淀粉样肽。Einav Tayeb-Fligelman等人解析出这个淀粉样肽在具有全长氨基酸序列时的高分辨率结构。令人意外的是,这种结构揭示出它与常见的淀粉样交叉β折叠结构存在差异。PSMα3形成两亲性的α-螺旋,这些α-螺旋经过折叠与原纤维轴相垂直的方向堆积在一起形成折叠片。这种不同寻常的交叉α-螺旋在原纤维毒性中发挥着重要作用。

8.Science:利用具有光控开关作用的激酶控制细胞信号
doi:10.1126/science.aah3605

蛋白激酶是被用来传递细胞内信号的蛋白。Xin X. Zhou等人设计出多种不同的激酶以至于它们能够被可见光开启和关闭。他们对荧光蛋白Dronpa进行修饰,这样在紫光照射下,它形成二聚体而不是形成四聚体,而在蓝绿光照射下,它发生离解。他们将两个Dronpa拷贝融合在一起作为来自不同激酶家族的代表。这些经过改造的激酶能够以具有时空精准度的方式起着光控开关的作用,而且成功地被用来研究许多种信号通路。

9.Science:评述细胞DNA复制起始机制
doi:10.1126/science.aah6317

遗传物质准确地复制和传递到下一代需要复杂的分子组装体。Franziska Bleichert等人评论了生命三域中的复制起始,尤其关注复制起点选择和解旋酶装载。这些过程鉴定出潜在的复制起点,让它们为随后的双向复制起始做好准备。真核生物、原核生物和古生菌之间存在着关键的相似性和多种差异,而且还存在着很多悬而未决的问题有待解答。(生物谷 Bioon.com)

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