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Nat Methods:新的基因组图谱绘制方法为精准医疗铺平道路

来源:生物谷 2017-01-31 14:16


2017年1月31日/生物谷BIOON/---在一项新的研究中,来自美国俄勒冈健康与科学大学的研究人员开发出一种快速地和高效地绘制体内单细胞基因组图谱的方法。相关研究结果于2017年1月30日在线发表在Nature Methods期刊上,论文标题为“Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing”。这些发现为癌症和很多其他疾病的精准治疗取得重大进展铺平道路。

经证实单细胞基因组测序在检测细胞内(特别是肿瘤内)的基因变异中是有非常价值的。然而,缺乏一种高效的节省成本的方法来绘制大量单细胞的基因组图谱,这就使得描述癌性肿瘤或者体内的其他细胞类型的特定遗传组成所需的稳健分析很难开展。

这项研究展示了一种多次对细胞进行条形码编码随后对它们进行测序的方法。这种方法极大地扩大了能够绘制基因组图谱的单细胞数量。

论文通信作者、俄勒冈健康与科学大学医学院分子与医学遗传学助理教授Andrew Adey博士说,“肿瘤持续地发生进化,和持续地发生变化。如果我们能够破解肿瘤的不同细胞组分,那么我们能够更加精准地靶向这种癌症。”

利用开发出的细胞索引方法,研究人员构建出16,698个单细胞的基因组文库,这大约比利用常规方法能够构建出的基因组文库大小高出两个数量级。在接下来的研究中,Adey希望扩大在单细胞中能够获取的信息类型,包括在体内不同细胞类型之间差异很大的表观遗传性质。

Adey说,“这将会取得重大进步。通过与来自俄勒冈健康与科学大学的其他研究人员合作,我们希望开始在临床研究中非常快速地使用这种工具。”(生物谷 Bioon.com)

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Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing

Sarah A Vitak, Kristof A Torkenczy, Jimi L Rosenkrantz, Andrew J Fields, Lena Christiansen, Melissa H Wong, Lucia Carbone, Frank J Steemers & Andrew Adey

doi:10.1038/nmeth.4154

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