生物样本库

又称生物银行,主要是指标准化收集、处理、储存和应用健康和疾病生物体的生物大分子、细胞、组织和器官等样本(包括人体器官组织、全血、血浆、血清、生物体液或经处理过的生物样本(DNA、RNA、蛋白等)以及与这些生物样本相关的临床、病理、治疗、随访、知情同意等资料及其质量控制、信息管理与应用系统。

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生物谷专访复旦大学附属肿瘤医院孙孟红教授

来源:生物谷 2017-01-03 14:02

编者按:随着精准医学时代的来临, 生物样本库(Biobank)作为转化医学研究的重要资源,是其发展的基石。生物样本库的重点在于生物样本的采集、存储、管理、全流程质控等管理。建立高质量的生物样本库对于探索新的治疗途径,开拓新的诊治手段,优化医药研发的资源配置都有极其重要的意义。也对于提高科研效率具有极大的帮助。

孙孟红 教授



复旦大学附属肿瘤医院

嘉宾简介:博士,主任医师,复旦大学附属肿瘤医院组织库执行主任。从事肿瘤病理和肿瘤研究20余年。先后在德国海德堡大学、德国癌症研究中心、美国MD Anderson肿瘤中心学习和工作。在乳腺癌分子病理学、散发性结直肠癌、中国人非息肉病性结直肠癌、非小细胞性肺癌和食管癌的分子病理学的研究方面做出成绩,发表文章100余篇。2009年任现职后,在已有工作基础上,对组织库样本进行了严格的病理形态质量控制、RNA/DNA/蛋白的质量控制的工作。担任中国医药生物技术协会组织生物样本库分会常委、全国生物样本标准化技术委员会生物样本库质量达标检查工作组成员。负责上海市专业技术服务平台——恶性肿瘤生物样本库的网络建设工作。工作进展在历年的生物样本科学"国际生物和环境样本保存协会(International Society of Biological & Environmental Repository,ISBER"的年会上交流,受到同行关注。

此外,孙教授还将于2017.01.06-07日出席由生物谷主办的“2017(第四届)生物样本库综合应用与发展论坛”,并为大家带来题为:生物样本库的合作及可持续性发展”的报告,以下是采访的文字内容。

生物谷:孙教授您好,感谢您接受生物谷的专访。我国生物样本库建设启动比较晚,在生物样本库建设方面, 您认为国内外差距在哪里?

回答:国外确实起步较早,对样本的重要性的认识也更早,经验教训也相应更早。经过这十多年的摸索,对提高样本质量所采取的措施也很合理。从我国样本库领域近几年的发展看,实体库的发展很快,各种样本库、医院库、大学库和生物样本库联盟层出不穷。我国各界已经充分认识到生物样本库对我们寻常人民的意义所在,以及尽早建立科学规范的生物样本库的必要性。一个样本库是否好,其生物样本的客观生物学质量,即生物大分子在多大程度上保留了样本在体时切断血供的一刹那的状态、样本信息的质量包括随访信息的质量,是至关重要的。同时,建立一个样本库的周密设计、尖端研究方法的选择和不同学科领域之间各方力量的有效合作,都是给样本库加分的。样本的使用率也是客观指标。相对来说,建库不难,难度大的是怎样保证质量、可持续性发展。如果说,我们建库已经不落后了,怎样实现样本的共享和建立共享机制,促进联合,是我们需要面对和学习的地方。

生物谷:去年首个全国性的中国生物样本库技术标准委员会在上海成立,标志着我国生物样本标准化建设迈出了实质性一步,您认为样本库标准化的意义是什么?

回答:2015年6月,中国国家标准化管理委员会批准成立全国生物样本标准化技术委员会。秘书处承担单位为生物芯片上海国家工程研究中心。标委会主要负责生物样本的采集、处理、存储、管理、分发、应用所涉及的相关技术、方法和产品领域国家标准制修订工作。实际上,国际上也在讨论生物样本库的标准化问题,并成立了工作小组(ISO/TC276)。标准化的目的是加强样本库构建与操作之间的协同性;减少不同样本库之间样本与数据收集方式,相同主题的信息内容,和相应数据的呈现方式的异质性;有可参考的指南保障相同的样本收集在不同时间操作与管理方式相同;相同的样本收集在不同样本库的运作与管理方式相同;最终目的是为做到不同样本库获得的资源在相同主题中是相容的,需要的时候即可相互整合,交流与共享。

生物谷:TCGA项目已渐入尾声,目前被称为是TCGA项目之续的CPTAC项目正在美国癌症研究所各个合作单位中进行。对此,您怎么看?

回答:“肿瘤基因图谱”(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划已扩展为全球性合作研究(国际肿瘤基因组协作联盟 ICGC),旨在通过多学科、广泛的合作,揭示细胞癌变及肿瘤发生、发展的机制,在此基础上研究开发新的诊断和治疗方法,以实现肿瘤的分子分型和精准治疗。2016年1月,美国国家肿瘤研究院正式启动CPTAC研究项目。该项目旨在通过多学科、广泛的合作,整合包括医院生物样本库、基因组测序中心、蛋白组测序中心、基因生物学研究中心、肿瘤基因蛋白组数据中心、基因和蛋白组大数据分析中心、及各肿瘤专科医生和医学科学家团队等的力量共同协作,应用最前沿的蛋白质组学技术,以解读各类肿瘤的基因突变及蛋白组学信息。目前CPTAC项目要把标准化的蛋白技术运用到包括肾透明细胞癌、肺鳞癌、肺腺癌、胰腺导管癌、头颈部鳞癌、软组织肉瘤和胶质母细胞瘤在内的多种肿瘤中。相信CPTAC会比TCGA更加有效地帮助肿瘤患者,有利于快速锁定目标分子,从而进行更加有效的抗肿瘤药物开发,造福人类。

生物谷:国外已有用癌症患者机体肿瘤所衍生的类器官建立肿瘤PDX模型生物样本库,用于筛选个体化药物, 我们国内在这方面的进展如何?

回答:针对例如恶性肿瘤的临床科学问题、相关基础研究的临床转化问题、以及新药研发和疾病诊断研发的需求,PDX小鼠模型可以发展为规模化、标准化、信息一体化的肿瘤异种移植模型资源库;基于PDX小鼠模型,可建成生物信息学技术、多种生物技术、肿瘤个性化治疗和新药研发的研究体系;而其中建立PDX小鼠模型的质量控制体系、标准化技术流程、以及基于PDX小鼠模型的规范化管理体系至关重要,可以为获得关键致病基因、肿瘤诊断生物标志物、潜在药物作用靶点、肿瘤新药研发、个性化治疗提供提供可靠的不可估量的作用。

生物谷:关于肿瘤生物样本库, 复旦大学附属肿瘤医院组织库有什么特色? 在临床方面发挥了什么作用? 您愿意与大家分享一下吗?

回答:复旦大学附属肿瘤医院从2006年开始收集第一例样本,之后经历了漫长的发展阶段。十年来,组织库在肿瘤生物样本库的样本收集、样本科学和样本库联盟方面取得进展,成为上海市乃至全国前来学习和交流的地方。目前成为一个集样本收集、处理、储存和分发等活动为主,同时承担国内生物样本库人员培训、对外样本共享服务、国际交流、和多项生物样本库相关技术服务于一体的重要生物样本库,正在为生物样本库事业、肿瘤的基础与临床研究发挥着越来越重要的作用。我院样本库的特色是样本量大、种类多,样本库相关技术功能比较全。从建库以来使用和共享的样本例数超过了九万例,正在为临床个体化治疗和临床医药研究做出贡献。我们也在寻求机会,发挥更大的作用,为人类健康服务。作为上海市专业技术服务平台——恶性肿瘤生物样本库,我们和其他几家医院共同努力,去实现更为远大的目标。

生物谷:目前利用样本库资源进行队列研究是生物样本库的主要应用, 您在这方面有没有何打算?

回答:收集和储存自然人群,构建前瞻性研究,纳入较大基数的人群,一般10万或更大,观察很长的时间,来研究疾病,特别是慢性病,持续追踪研究,随访跟踪,如果发病或死亡,再进行追溯式查找病因,追溯的原因可以是遗传因素、环境因素,乃至饮食习惯和运动情况,是队列研究最常见的方式,如UK Biobank和很多国家的人群队列。

而疾病队列,是研究的“短平快”资源。随着医学的发展,我们认识到,很多疾病实际上存在着极大的异质性,用一种药来治同一种病,显然已经不能满足要求。而对同一种疾病(疾病队列)进行遗传、基因、表观遗传、蛋白质-基因组学研究,发现和挖掘这些水平的疾病实质,精准预防、精准诊断和精准治疗,就是防、诊、治。

人群队列和疾病队列是互补的,缺一不可。人群队列研究是基础,而疾病队列研究需要知道健康人的数据、疾病人群的数据,健康人群和疾病人群的数据主要来自于人群队列的研究。

我们作为一个恶性肿瘤生物样本库专业技术平台,拥有大数量的肿瘤样本,在提供大的疾病样本和信息方面有了多年的积累,能够快速为课题需求提供高质量的研究样本,这是我们的承诺。

感谢您接受我们的专访。

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2017生物样本库综合应用与发展论坛

会议时间:2017.1.06-2017.1.07     会议地点:上海

会议详情: http://www.bioon.com/z/2017biobanking/

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