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李霞——哈尔滨工业大学——复杂疾病基因连锁定位作图方法, 生物医学信息学,基因芯片相关信息学技术,药物基因组信息学和系统生物学

来源:生物谷 2016-07-26 17:35

导师姓名:李霞         导师类别:博士生导师  

  • 姓名: 李霞       性别: 男       出生年月:
  • 所在院校: 哈尔滨工业大学       所在院系: 计算机应用技术
  • 职称: 教授       招生专业: 计算机应用技术
  • 研究领域: 复杂疾病基因连锁定位作图方法, 生物医学信息学,基因芯片相关信息学技术,药物基因组信息学和系统生物学
  • 联系方式

  • E-Mail: profli@126.com       电话: 0451*******       邮编: 0
  • 地址:
  • 个人简介

      哈尔滨工业大学生物信息室主任。哈尔滨工业大学计算机专业博士(人工智能),1993年任副教授,1997年破格晋升为教授,1999年到2001年曾在美国UNC与CWRU生物统计系作访问教授。
      多年来一直从事生物医学信息学、数学与计算机方法及医学应用等方面的教学和科研工作,曾从事药物动力学、数量遗传学、计算分子生物学、基因组信息学和医学信息学等方面的教学与研究工作,主持与参加国家自然科学基金项目(3项)在内的26项课题的研究工作,发表科研论文100余篇,其中SCI( 8篇)、EI (2篇), 编著、主编和主审著作9部,曾多次获得科研奖励。
      教学经历:
      曾系统讲授过 《 医用高等数学》, 《 线性代数》《 概率论》, 《数理统计》, 并曾为研究生和本科生开设生物信息学相关课程:《医用模糊数学》、《计量医学》、《药物与受体动力学》、《统计遗传学》、《DNA蛋白质序列分析》、《医学统计模型与多因素分析》、《生物信息学》、《基因组信息学》、《 生物医用中的随机过程》及《医学计算与仿真分析软件》等。

    获得奖项

      1.《复杂疾病基因作图的模式识别方法研究》获省高校自然科学一等奖,省政府自然科学2等奖。2005,第1名。
      2.《PPAP3.0 人类与医学遗传学群体与家系资料分析计算机系统》、获省教委一等奖,省政府三等奖。1996,第3名。
      3.《自动化药物动力学分析系统》, 获省卫生厅二等奖,省政府四等奖。1996,第1名。
      4.《遗传优生计算机咨询、诊断系统的研制与应用》, 获省计生委一等奖。卫生部优秀医学视听教材奖。1997,第5名。
      5.《生理系统(药物、受体、酶与免疫)动力学数据分析系统的研制与应用》获省教委三等奖,1998,第3名。
      6.《猪囊虫病系列研究》, 已完成获省教委一等奖,省政府三等奖。1998,第11名。
      7.《我国生产要素密集型产业结构及其发展战略选择研究》1993年获航天工业部科技进步二等奖。1993,第5名。

    著作及论文

      发表论文(100篇):
      100.Xia Li et al. Gene Mining: A Novel and Powerful Ensemble Decision Approach to Hunting for Disease Genes Using Microarray Expression Profiling. Nucleic Acids Research, 2004;32(9),2685-2694;(2002年影响因子:7.051)(SCI)
      99.Li X,Zhang T .An ensemble method for gene discovery based on DNA microarray data. SCIENCE IN CHINA (Series C) 2004;34(4).(SCI)
      98.Li X, Rao S, Moser KL, Elston RC, Olson JM, Guo Z, Zhang T: Genetic mapping of complex discrete human diseases by discriminant analysis. Progress In Natural Science 2002, 12:431-437.(SCI)
      97.Li X, Rao S, Elston RC, Olson JM, Moser KL, Zhang T, Guo Z: Locating the genes underlying a simulated complex disease by discriminant analysis. Genet Epidemiol 2001,21 Suppl 1:S516-521.(SCI)
      96.李霞,张田文,郭政,一种基于分类树的集成特征基因选择方法,计算机学报,2004;27(5)(SCI)
      95.Rao S, Li X. Strategies for genetic mapping of categorical traits. Genetica, 2000; BG51:1-15.(SCI)
      94.Zheng Guo, Li X Multivariate sib-pair linkage analysis of longitudinal phenotypes by three step-wise analysis approaches, BMC Genetics,2003,4:S68.(SCI)
      93.Rao S, Li L, Li X, Moser KL, Guo Z,Genetic Linkage Analysis of Longitudinal Hypertensive Phenotypes Using Three Summary Measures, 2002;BMC Genetics 2003 4(Suppl 1):S48(SCI)
      92.S Rao, X Li, T Zhang, Z Guo, KL Moser, EJ Topol, Q Wang: Mining disease-relevant genes from DNA microarray data by an ensemble decision approach. Genet Epidemiol 2003, 25:267.(SCI)
      91.S Rao, X Li, T-W Zhang, Z Guo, KL Moser, EJ Topol, Q Wang: An ensemble method for gene discovery based on DNA microarray data. The American Journal of Human Genetics 2003, 73:604.(SCI)
      90.Li X, Rao S, Moser KL, Elston RC, Olson JM, Guo Z, Zhang T: Sib-pair Linkage Analysis of Complex Diseases via Pattern Recognition. In: Polygenic Diseases and Human Health-Proceedings of the International Symposium for Mapping and Identification of Genes for Complex Traits. Changsa, China; 2002
      89.Li X, Zhang T, Jiang W, Rao S, Li L, Guo Z: Reverse engineering of multiple time-delayed gene regulatory networks.SNPD Beijing 2004.82.
      88.X Li, S Rao, RC Elston, JM Olson, KL Moser, T Zhang, Z Guo: Locating the genes underlying a simulated complex disease by discriminant analysis. In: Genetic Workshop 12, International Genetic Epidemiology Society; 2000; San Antonio, TX, USA.
      87.李霞,张田文,李丽,郭政,决策树特征基因选择方法对SVM有效性的研究,中国生物医学工程学报;2004, 23(1):66-72
      86.李霞,张田文,饶绍奇,李丽,特征基因挖掘的决策森林方法,哈尔滨工业大学学报,2004, 36(4).
      85.Rao S, Li X, Guo Z, et al: An analysis-of-variance (ANOVA) approach for sib-pair linkage analysis of complex ordinal human diseases. Chinese Journal of Biomedical Engineering, English Edition 2002,11:3;104-112
      84.Rao S. Li X. and Z.Guo Mapping Quantitative Trait Loci of Ordinal Traits Using a Structural Heteroskedastic Threshold Model: I. Mathematica Applica, 2001,14(3):46-51.
      83.Rao S. Guo Z. and Li X. Mapping Quantitative Trait Loci of Ordinal Traits Using a Structural Heteroskedastic Threshold Model: II. Numerical Application. Theory. Mathematica Applica, 2001,14(3):3-9.
      82.Zheng Guo, Qi Wang, Hui Yu, Xia Li. Precise Classification of Cancer Types Based on Decision Tree Analysis of Gene Function Expression Profiles, SNPD Beijing 2004.
      81.Li L, Jiang W, Rao S, Guo Z, LI X: Feature gene selection based on a hybrid between genetic algorithm and support vector machine. SNPD Beijing 2004.
      80.Guo Z, Li X, Rao S, Moser KL, Gong B, Shen G, Li L, Cannata R, Zirzow E, Topol EJ, Wang Q: Discriminant sib-pair linkage analysis of longitudinal phenotypes. In: Genetic Workshop 13, International Genetic Epidemiology Society; 2002; New Orleans, LA, USA
      79.S Rao, L Li, X Li, KL Moser, Z Guo, G Shen, R Cannata, E Zirzow, EJ Topol, Q Wang: Comparison of different summary measures (mean, slope, and principal components) for genetic linkage analysis of longitudinal hypertensive phenotypes. In: Genetic Workshop 13, International Genetic Epidemiology Society; 2002; New Orleans, LA, USA. 128-132.
      78.S Rao, G Shen, R Cannata, E Zirzow, RC Elston, X Li, L Li, EF Plow, EJ Topol, Q Wang: Heritability and linkage analysis of premature coronary artery disease and related traits based on a study of 428 ascertained multiplex families. Genetic Epidemiology 2002, 23:301.(SCI)
      77.李丽,李霞,郭政,汪强虎, 两种过滤特征基因选择算法的有效性研究.生命科学研究, 2003, 7(4):369-373.
      76.李传星, 李 霞, 调控通路内基因表达的相关性分析,遗传,2004.
      75.王海芸,李 霞,郭 政,张瑞杰,四种模式分类方法应用于基因表达谱分析的比较研究,生物医学工程学杂志,2004
      74.宫滨生,李霞,郭政, SAGE遗传分析系统的功能及应用,中国优生与遗传杂志2002-10-1
      73.徐娜,李霞,郭政,杜磊,李丽,功能驱使的基因表达相似性分析,哈尔滨医科大学,2003,37(6)183-186.
      72.郭政,张田文,李霞,屠康,喻辉,徐建震,王辰光.利用GeneHub软件多角度分析基因功能相关与表达相关的联系,生物医学工程学杂志,2004。(已接受)
      71.喻辉,郭政,李霞,屠康.与实验条件相关的基因功能模块聚类分析方法.生物物理学报,2004(已接受)
      70.王磊,郭政,李霞, 屠康,徐建震,喻辉,宫滨生,互作蛋白质对应基因在mRNA水平的表达相关性分析,哈尔滨医科大学学报,2003.
      69.朱晶,郭政,李霞,宫滨生,屠康,喻辉,徐建震,编码蛋白位于同一个信号传导通路内的基因表达相关性分析,哈尔滨医科大学学报,2003
      68.刘帅,郭政,李霞.癌细胞系基因表达谱系统性变异的聚类分析,CCML,2004。
      67.喻辉,郭政,李霞.基于GO与基因表达谱挖掘挖掘特征基因功能类.生物信息学.2003,1(1), 15-19.
      66.王琦 许杰 郭政 李霞. 基因表达谱信息分析软件IDEA与WebGEA. 生物信息学, 2003.1(1):33-36
      65.屠康,喻辉,郭政,李霞.GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法.生物化学与生物物理进展.(已接受)
      64.高广信,李霞,郭政.遗传异质性问题的统计方法与程序,中国卫生统计2001,18(3),169.
      63李霞 郭政 何颖,人类与医学遗传学群体与家系资料分析计算机系统的功能与菜单结构(II) 中国优生与遗传杂志1997;5(1)
      62.李霞 郭政 何颖,人类与医学遗传学群体与家系资料分析计算机系统的功能与菜单结构(Ⅲ)中国优生与遗传杂志1997;5(1)
      61.李霞 郭政 何颖,遗传咨询中复发风险估计方法中国优生与遗传杂志1997;5(2) (P92)
      60.张瑞杰, 郭政,李霞,基于基因表达谱分析的一种非参数得分算法及其界值确定方法,2002; 数理医药学杂志
      59.郭政, 李霞, 用仿真方法对用基因芯片检测基因突变类型可行性的研究, 2002; 数理医药学杂志
      58.宫滨生, 李霞, 郭政.SAGE系统简介及应用,中国优生与遗传学杂志,2002
      57.许杰,郭政,李霞.,通过表达谱区分基因突变类型的可行性的仿真分析,数理医药学杂志,2002。
      56.许杰, 郭政,李霞. 具有单隐含层与双隐含层神经元的神经网络进行蛋白质二级结构预测的效果比较 哈尔滨医科大学学报 第35卷 第6期 2001-12
      55.张瑞洁,许杰, 郭政,李霞.微阵列差异表达基因识别的一种非参数方法,数理医药学杂志,2002,
      54.江荣才 浦佩玉 许杰 郭政 李霞 等 不同类型胶质瘤基因的表达谱分析,癌症杂志 2002-10
      53.张瑞杰 许杰 郭政 李霞 李康, 利用基因表达谱对组织样品分类方法的研究,中国卫生统计 2002,
      52.王慕洁,郭政,李霞按一级吸收(一级并行)米氏过程消除药物的给药方案设计:血管外给药,生物数学学报,2002
      51.张世谦,李霞,郭政, 心血管疾病遗传连锁分析及发病风险因子的研究,哈尔滨医科大学2002
      50.(李霞 郭政 何颖) (根据药物动力学设计按(一级并行)米氏过程消除药物的给药方案:静脉注射, 医药信息处理与研究1997;5(1)(P7)
      49.( 郭政 何颖 李霞)遗传异质性研究的若干统计方法及其程序应用, 医学研究与实践 1996;4(5)(P395)
      48.李霞 郭政 何颖)群体药物动力学分析系统与药物动力学仿真系统, 医学研究与实践1996;4(5)(P437)
      47.(李霞 郭政 何颖)应用药物动力学评价按(一级并行)米氏过程消除药物的给药方案:静脉点滴, 生物数学学报1996;11(4)(P131)
      46.(郭政 李霞)按(一级并行)米氏过程消除药物的稳态性质分析的数值解法, 生物数学学报1996;11(4)(P210)
      45.(李霞 郭政 张瑞杰)遗传度估计的计算方法, 疾病监测1996;11(3-A)(P222)
      44.(李霞 郭政 王宏志)遗传学研究中的通径分析方法及其程序与应用, 中国初级卫生保健1996;10(11)(P41)
      43.(李霞 郭政 何颖)吡喹酮治疗脑囊虫病的给药方案设计与评价, 中国现代医学杂志1996;6(3)(P11)
      42.(李霞 郭政 王慕洁)应用药物动力学评价按(一级并行)米氏过程消除药物的给药方案:静脉注射, 数理医学杂志1996;9(3)(P198)
      41.(何颖 高治文 李霞)阿苯哒唑治疗脑囊虫病的给药方案分析, 数理医药学杂志1996;9(4) (P343)
      40.(李晶 李霞 郭政)B超图像定量分析及在肝疾患中医辨证中的应用, 中医药学报 1996;1 (P56)
      39.(李霞 郭政 王宏志)应用药物动力学设计按一级过程消除药物的给药方案:静脉点滴, 伤残医学杂志1996;4(3)(P118)
      38.(李霞 郭政 何颖)单体型关联与连锁分析, 国外医学遗传学分册 1996;19(6)(P293)
      37.(郭政 何颖 李霞)人类与医学遗传学群体与家系资料分析计算机系统的功能与菜单结构(Ⅰ), 中国优生与遗传杂志1996;4(6)(P7)
      36.(郭政 李霞 刘权章)畸形综合征的计算机辅助诊断与查询系统简介, 中国优生与遗传杂志1995;3(5)(P2)
      35.(高广信,李霞,郭政)疾病遗传度估计的程序与应用, 中国初级卫生保健;2001,15(6)(P55)
      34.(郭政 李霞 何颖)一个中国人群中血清尿酸浓度的混合分析, 中国优生与遗传杂志1995;3(6)(P48)
      33.(郭政 李霞 何颖) 评价给药方案计算机系统, 医药与计算机 1995;3(P290)
      32.(李霞 郭政 何颖) 通用药物动力学计算机分析系统, 医药与计算机 1995;3(P288)
      31.(何颖 郭政 李霞) 应用药物动力学设计按一级过程消除药物的给药方案:静脉点滴, 医药与计算机 1995;4(P286)
      30.(郭政 李霞) 遗传性疾病的发病年龄分布与发病风险分析, 国外医学遗传学分册 1995;18(2)(P98)
      29.(郭政 李霞) 数量性状主效应因素成分检测的混合分析法, 国外医学遗传学分册1995;18(3)(P128)
      28.(郭政 王慕洁 李霞)按一级过程消除药物的血管外给药与静脉注射给药方案设计, 医药信息处理与研究 1995;3(2)(P13)
      27.(郭政 何颖 李霞)我国北方人群中血糖浓度分布的混合分析, 中国卫生统计 1995;2(2)(P49)
      26.(李霞 王慕洁 郭政)遗传方式分析的AGFAP法及其程序应用, 数理医药学杂志1995;8(2)(P145)
      25.(何颖 郭政 李霞)多位点单倍型频率及连锁不平衡参数估计:程序与应用, 数理医药学杂志1995;8(3)(P269)
      24.(郭政 李霞 王慕洁)个中国人群血清甘油三脂浓度分布的混合分析, 哈尔滨医科大学学报 1995;29(1)(P9)
      23.( 郭政 李霞 何颖)群体药物动力学非线性混合效应模型方法与程序, 临床医学工程杂志 1994;2(1)(P24)
      22.(何颖 郭政 高治文)遗传方式分析的MASC法及其计算机程序, 临床医学工程杂志 1994;2(1)(P24)
      21.(郭政 李霞 何颖)家庭资料的相关性分析方法, 临床医学工程杂志 1994;2(1) (P43)
      27.(郭政 李霞)疾病遗传方式分析:AGFAP法与APS法, 生物数学学报 1994;9(5)P71)
      20.(郭政 李霞)一个中国人群血清胆固醇浓度分布的混合分析, 生物数学报1994;9(5) (P92)
      19.(郭政 李霞 何颖)我国人群中体重指数分布的混合分析, 中华流行病学杂志 1994;15(特)(P412)
      18.(郭政 李霞)遗传性疾病的发病年龄分布与发病风险的生存分析方法, 中华流行病学杂志 1994;15(特)(P435)
      17.(李霞 郭政 何颖)结合珠蛋白的遗传多态性与肝硬化的发病风险, 中华流行病学杂志1994;15(特)(P451)
      16.(郭政 李霞 何颖)转铁蛋白及α1抗胰蛋白酶遗传多态性与几种疾病的关系, 哈尔滨医科大学学报 1994;28(4)(P283)
      15.(郭政 李霞 吴帆)On the Identification of M-M Elimination Parameters Based on Two Sets of Dose-Response Date, 生物医学工程学杂志1994;11(2)(P133)
      14.(郭政 李霞 何颖)基因频率的最大似然估计及计算机程序设计, 数理医药学杂志 1994;7(1) (P75)
      13.(何颖 王军 李霞) 亲缘系数与近交系数的计算, 数理医药学杂志 1994;7(3)(P249)
      12.(郭政 李霞 王慕洁)遗传学研究中疾病关联分析方法及其程序与应用, 中国卫生统计 1994;11(5)(P51)
      11.(郭政 何颖)受累亲属对连锁分析, 中华医学遗传学杂志 1994;11(5)(P288)
      10.(郭政 张仲 王慕洁)免疫反应动力学的几个数学模型, 生物数学学报 1993;8(1)(P57)
      9.(郭政 李霞 何颖)中国十二个民族的遗传分化(I), 生物数学学报 1993;8(3)(P103)
      8.(何颖 郭政 李霞)中国十二个民族的遗传分化(II)南方六个民族, 生物数学学报 1993;8(4)(P93)
      7.(李霞 张仲 王慕洁)利用血药浓度的标准差计算药物动力学参数标准差的传递方法研究, 数理医药学杂志1993;6(3)(P9)
      6.(Guo zheng, Li xia)Commingling anaiysis of two hemerrheoiogic indics in a chinese population, 哈尔滨医科大学学报 1993;27
      5.(郭政 李霞 郝翠霞)酶动力学与受体动力学计算机分析系统, 中国病理生理学杂志1993;9(7)(P803)
      4.(郭政 何颖 李霞)Commingling Analysis of two Hemorrheologic Indecis in a chiness Population, Journal of Harbin Medical University(P142)
      3.(郭政 李霞)猪带绦虫生态循环的数学模型--对防治措施的定量评价, 生物数学学报1992;7(3)(P44)
      2.(李霞 郭政 张庆普)大样本Fuzzy聚类分析的速算法及在微机上实现, 中国卫生统计 1992;9(6)(P38)
      1.(李霞 李晶 王宏志)阿魏酸钠体内动力学参数的研究, 中医药学报 1992;4(P53)
      主要著作:
      1.《药物、受体、酶与免疫反应动力学数据分析》,黑龙江省科技出版社,第一著者,1996;
      2.《计算分子生物学与基因组信息学》,黑龙江省科技出版社, 第二著者, 1998;
      3.《医学遗传学与遗传流行病学数据分析》,黑龙江省科技出版社,第二著者, 1996;
      4.《医用模糊数学》,哈尔滨工业大学出版社,第二著者, 1993;
      5.《医用高等数学》,黑龙江省科技出版社,主审, 2000;
      6.《医学统计学习题集》,黑龙江省科技出版社,主审, 2000;
      7.《医学信息分析方法》,哈尔滨出版社,第二著者, 2001;
      8.《医用高等数学》,哈尔滨出版社(主编2001);
      9.《概率论与信息论基础》,哈尔滨出版社,(主审2003);
      10.《现代生物信息学理论与实践》,科学出版社,主编,2005年11月出版。

    承担项目

      主持与参加项目26项:
      在研项目9项(国家自然科学基2项,863高科技2项):
      1.国家自然科学基金:多基因复杂遗传疾病基因作图的模式识别与特征提取技术(30170515),主持(第一名),2001。
      2.国家自然科学基金:人类复杂疾病基因表达谱特征基因识别的数据挖掘技术。主持(第一名),2003。
      3.国家高技术研究发展计划(863计划),中药抑癌分子机理基因芯片技术平台, 副组长,2003。
      4.省科学计划项目:基因功能和药物靶点发现的整合生物信息学分析平台,主持(第一名),2003。
      5.哈医科大211项目:生物信息学开放实验室与整合生物信息学分析平台,主持(第一名)。
      6.国家高技术研究发展计划(863计划),原位合成基因芯片技术的研发, 参加,2003。
      7.市科学计划项目:中药有效成分筛选的高效生物信息学分析技术,主持,2003。
      8.省教育厅:应用数值系统分类技术寻找复杂疾病基因,参加。
      9.省卫生厅:基于神经网络和基因芯片表达谱的人类疾病分类技术,参加。
      完成项目17项
      1.国家自然科学基金:人类复杂疾病基因定位的方法与优化策略(39970397), 第二名。
      2.省科学计划(攻关)项目:人类基因定位、识别的计算机方法与应用。第二名。
      3.省自然科学基金:人工神经网络多基因复杂疾病基因作图技术的研究。主持(第一名)。
      4.市科学计划(攻关)项目:基因连锁定位分析数学计算机方法及应用。主持(第一名)。
      5.省自然科学基金:DNA与蛋白质序列分析的方法、程序与应用,主持(第一名)。
      6.省科学计划(攻关)项目:人类基因定位、识别的计算机方法与应用,第二名。
      7.市科学计划项目:基因连锁定位分析数学计算机方法及应用,第二名,已完成。
      8.省教委课题:人类遗传群体与家系资料计算机分析系统, 第二名,已完成。
      9.省卫生厅课题:自动化药物动力学分析软件包,主持(第一名),已完成。
      10.省科委青年课题:治疗囊虫病药物的定量研究及个体最优化给药方案设计,主持(第一名),已完成。
      11.省计生委课题:优生优育计算机辅助诊断与查询系统, 第四名,已完成。
      12.省教委课题:酶与受体动力学计算机分析系统的开发与应用研究,第三名,已完成。
      13.省中医管理局课题:B型超声图象定量分析及其在肝疾患中医辨证中的应用,第三名,已完成。
      14.市科委课题:骨科专用医学影像计算机处理系统的开发,第三名,已完成。
      15.省教委课题:遗传病复发风险估计计算机分析,主持(第一名),已完成。
      16.航天工业部课题:《我国生产要素密集型产业结构及其发展战略选择研究》,第5名。
      17.省卫生厅课题:利用小家系资料进行基因定位。省卫生厅课题:利用小家系资料进行基因定位,第2名。
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