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中国首部二代基因测序技术临床应用共识出台

来源:生物谷 2016-04-26 09:46

当今,肿瘤诊治已迈入个体化及精准医学的时代,从“一刀切”向“针对每一个病人的具体病情,正确选择并精确地应用适当的治疗方法”发展,这对进一步提高治疗的有效性,降低不必要的药物副作用和节约医疗支出都有着深远的意义。肿瘤的精准医疗是一项系统工程,包括精准诊断、精准治疗、精准管理多个环节,均以精准的肿瘤基因检测为基础。生物技术的进步使得探索具有临床意义的基因异常变得可能等。

据报道,目前我国正在制定“精准医疗”战略规划,这一规划或将被纳入到“十三五”重大科技专项,这预示着在中国,精准医学正驶入高速发展的快车道。在精准医学时代的早期阶段,规范满足临床诊疗要求的二代基因测序技术(NGS)的标准与应用,提高准入门槛,确保这部行业发展“导航仪”的精准性显得尤为重要。基于此,中国临床肿瘤学会(CSCO)肺癌诊疗指南发布会在北京举行,同时出台首部《中国肿瘤驱动基因分析联盟(CAGC)二代测序技术临床应用共识》(下称《共识》),帮助指导基因检测及NGS技术规范合理应用,给我国患者切实带来治疗和生存获益。

“临床肿瘤学实践中,基因检测已成为精准诊治的前提和核心之一。《共识》的出台,将为广大临床医生提供公认规范指导,提高肿瘤诊治的检测质量和结果准确性”,CSCO理事长吴一龙教授表示:“随着高通量的大规模平行测序技术的发展, NGS在开展靶向精准诊治实践与试验研究中有着广阔前景,能更好的帮助临床医生在实际临床患者诊疗中,提升诊断水平,做出合理正确决策,提高患者生存质量。”

(上图:吴一龙教授)

“共识”由实验室癌症遗传学家、临床肿瘤学专家、生物信息学专家、病理学家和其他人员组成的专家组起草,包含了NGS的技术应用现状、临床多个瘤种的NGS检测内容、样本处理、测序流程、数据管理、信息学分析、结果报告解释和咨询等多个方面内容的阐述。CSCO计划通过在基因检测方面进行三个步骤全面提升精准医学:形成和发布NGS临床应用共识是第一步的工作,然后是通过一系列标本检测验证共识是否可行、准确,并做相应的修正。第三步是和药物研发公司联合检测,通过大数据分析发现其中某个特别的基因,或完全有可能作为药物治疗的靶点,帮助药物研发公司对此靶点开展研究,这对推动整个行业的发展作用非常重大。

在此基础上,CSCO还计划针对肺癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、结直肠癌、包括白血病在内的造血系统等六种恶性实体瘤开展以NGS 技术为主的驱动基因谱分析,提出适合我国临床肿瘤学实践的一系列肿瘤的 NGS检测技术、分析内容、诊治模式的共识、流程、标准和规范。

中国肿瘤驱动基因分析联盟(CAGC)秘书长、广东省人民医院广东省肺癌研究所副所长张绪超教授指出:“准确是NGS体现临床价值的前提。我国之前一直未形成NGS的相关规范。事实上,临床上对NGS的实际需求非常大,仅仅肺癌一年就有超过65万的新发病例。通过‘共识’规范从样本的取得到报告的给出每个环节,高标准、严管理,确保结果准确,应用于患者全程病程管理当中。”

(上图:张绪超教授)

这与燃石医学始终致力于用国际前沿生物技术、基因组大数据分析能力为肿瘤患者进行个性化治疗提供更好的指导的愿景不谋而合。燃石医学创始人兼CEO汉雨生表示:“我们很高兴看到‘共识’的出台,随着行业规范化的深入,一些优秀的企业和产品将在大浪淘沙中沉淀下来。作为第一家将NGS肿瘤临床化产品推向市场的公司,我们一直在努力推动基因组技术的临床应用。我们与在测序和芯片技术上全球领先的Illumina公司开展合作,促进更多高品质分子诊断解决方案应用于肿瘤临床领域,使更多患者从中获益。在过去两年中,我们已经与国内110家三甲医院进行合作。我们与全国顶尖的肺癌专家合作,已经产生了大量的临床研究成果及数据,这些成果将为未来肿瘤的精准医疗提供坚实的基础。同时我们与政府相关部门一起推进NGS在肿瘤领域的标准化、普及化。”

据汉雨生透露,2016年燃石医学还将获得几个含金量高的资质证书,而这些证书会有利于燃石医学业务的进一步发展。

(上图:燃石医学创始人兼CEO汉雨生)

现场采访实录(一):

主题:肺癌临床治疗前沿趋势与基因检测的可行性

受访人:中国临床肿瘤学会(CSCO)理事长吴一龙教授

精准医学是利用现有技术来检测人类基因,通过基因改变情况使治疗更精准、有效和安全。而这一切的前提是必须利用现有的基因学知识,通过测序方法获取基因学知识。

早在2004年精准医学工作就已开始,但当时并未形成产业,中国NGS之所以大热,一夜间千树万树梨花开,这要追溯到去年初美国奥巴马在国情咨文中提出“精准医学。这股风吹到中国以后,国家科技部、国家卫计委等部门开始重视起来,不断学习、研究精准医学,与此同时,很多市场嗅觉敏感的企业也已有所行动。

美国精准医学的发展路径是先制定标准规范,再开始实践,而我国是测序工作先进行,伴随着各类宣传工作,随后在实践中认识到需要有标准、规范来定义如何去做,应遵循怎样的标准,避免争执。

2015年9月,我们首先成立中国肿瘤驱动基因分析联盟(CAGC),CAGC把制定共识这项工作纳入了联盟起始的第一步。经过几个月的调研,并参照国际上的标准,2016年3月举办了第一次研讨会,邀请了临床肿瘤学、病理学、分子生物学、基因测序专家以及有影响力的检测企业的技术官一起讨制定共识的必要性、可行性,并着手起草共识。经过多次反复讨论,共识出炉。

问:您刚才提及,研讨会上临床肿瘤学、病理学、分子生物学专家一起讨论了NGS领域亟待解决的问题,具体指的是哪些问题?

吴一龙:其中牵涉到了很多问题。首先,基因测序的提取组织究竟是肿瘤组织,还是正常组织?共识明确:组织提取物必须由病理学专家确认是肿瘤组织时才能进行测序。其次,这些送检肿瘤组织中,如何提取出用来做分析的成分?组织提取后送去检测,检测技术是怎样的?其中很复杂,如检测多少个基因,测序深度多少层,此时必须要达成共识。最后,检测报告应该怎样撰写、如何发放?不是所有医生都能看得懂检测报告,很多医生要从头学。

问:在临床应用上,在众多的NGS技术平台中进行选择时,应重点注意哪些方面?

吴一龙:我们今年的共识主要是在技术方面进行了规定作为第一步,如果要检测单个基因是否发生了变异,目前用二代基因测序技术就是“杀鸡用牛刀”。现在针对单个基因检测,我们有很多更便宜的方法来用,国家已经批准了很多。但是,假如想同时检测多个基因,推荐使用NGS。

在讨论共识的过程中,CSCO要求很多NGS检测公司提供检测数据,供CSCO测算和测评。包括燃石医学就提供了相关数据,这些公司对自己的产品是比较自信的,也经得起推敲;也有公司不敢提供,那就要打个问号了。其实,可以从各个方面对此进行监督。

问:二代基因测序技术规范发展起来之后,对后续药物研发和选择有什么帮助?

吴一龙:帮助会非常大,这也是CSCO/CAGC接下来相关工作的第二步和第三步。CSCO计划通过在基因检测方面进行三个步骤全面提升精准医学:形成和发布NGS临床应用共识是第一步的工作,然后是通过一系列标本检测验证共识是否可行、准确,并做相应的修正。第三步是和药物研发公司联合检测,通过大数据分析发现其中某个特别的基因,或完全有可能作为药物治疗的靶点,帮助药物研发公司对此靶点开展研究,这对推动整个行业的发展作用非常重大。

现场采访实录(二):

主题:肺癌临床治疗前沿趋势与基因检测的可行性

受访人:中国肿瘤驱动基因分析联盟秘书长、广东省人民医院广东省肺癌研究所副所长张绪超教授

问:我国NGS发展存在哪些不规范现象?《共识》的出台对NGS规范有什么好处?

张绪超教授:我国之前一直未形成NGS的相关规范。但我国现实临床对NGS的需求非常大,仅肺癌一年就有超过65万新发病例。理论上来讲,分子诊断应该应用于患者全程病程管理当中。此外,NGS是由多个检测技术组成的系统工具,只有每个环节进行质量控制,才能保证临床使用数据是有效的,临床学家才能提出准确的治疗方案,让患者真获益。基于此, CSCO出台《共识》,规定每个特定的NGS测试项目都需要经过严格的技术验证合格后才可以用于临床肿瘤检测,并强烈建议各实验室参加卫计委组织的“NGS相关的室间质量评估项目”来提高检测能力和质量*。NGS检测规范具有现实意义,对检测方、患者都有好处。

*注:(燃石医学在1月和4月两次通过卫生部临床检验中心开展的《全国肿瘤诊断与治疗高通量测序检测室间质量评价》,两次测评的结果均为优秀)。

问:目前,对于预防性检测领域,即癌症早期筛查诊断检测,NGS有何帮助?

张绪超教授:从靶向治疗角度来看,我们还没有办法将靶向治疗推向早期筛查诊断,缺乏相关临床数据。但是,NGS用于早期疾病诊断对患者有一定帮助。早期进行分子分型诊断,帮助患者后续全程管理,可以及早发现患者的基因亚型,对于后续疾病复发、耐药等策略制订都有很大的帮助。当然,需要强调的是不能在早期检测后马上就能用靶向药物。对于NGS的应用一定要明确其应用目的。

问:《共识》从各个环节是怎么规范NGS的?

张绪超教授:在NGS的检测中每个环节都很重要。样本采集、处理也非常重要,这也是《共识》将NGS应用中的样本处理作为一个单独内容进行详细解说的原因。举个例子,一个没有做详细质控评估的样本,如果肿瘤细胞含量只有1%甚至没有,检测结果就不能真正反映肿瘤的分子特征和生物技术特征。因此,我们要求做样本规范,在NGS技术条件下,至少有20%的细胞是肿瘤细胞才有可能探测到临床所需的靶点是否正确。

当然样本评估不仅包括肿瘤细胞含量的多少,还包括不同样本类型应该如何处理等。比如,对于新鲜标本需要做冰冻评估;而对已经做好石蜡包埋标本,需要进一步进行形态学评估。对于不同样本类型,《共识》做了详细界定,这是其中一个重要的内容,也是NGS检测非常重要的环节。

问:目前,对于临床上已确认的可控基因有多少?

张绪超教授:根据瘤种不同,基因也不同。过去十年肺癌发展非常快,2004年发现了有药、靶点以及检测技术的第一个可控基因EGFR。目前,肺癌里面有EGFR、ALK等8个基因必须检测。相信未来还将有更多的基因发现,基因数量会明显上升,如果考虑其他瘤种,基因数量会更多。

*注:燃石医学是唯一一个开发了NGS临床应用共识所要求的肺癌8基因检测产品的公司,并且从临床应用的便利性上开发了组织检测和无创血液ctDNA检测的两种产品。

问: NGS需求在临床应用方面需要符合什么样的质量?

张绪超教授:《共识》规定了NGS在临床肿瘤诊断中的质量需求,规定每个特定测试项目都要经过严格的技术验证,合格后才可以用于临床肿瘤检测,所有 CAGC项目都要满足共识中的NGS评价体系。一个好的NGS分析技术能否真正应用到临床,必须满足三个条件:分析技术满足要求*,临床检测能力符合要求,临床应用一定给患者带来好处。再好的技术如果在临床上对患者没有用处,也是无用的。

*注:(临床组织样本的NGS“有效测序深度”应达到500X以上,燃石医学达到1000X,血浆游离DNA标本的NGS“有效测序深度”应达到1000X以上,燃石医学达到10000X)

问:《共识》出台后,对二代基因测序的产业,包括二代测序公司会产生什么样的影响?

张绪超教授:从我们角度来讲,一定是推动而非阻碍,是正确推动方向的作用。

这次共识出台,我们邀请了很多NGS公司的技术专家参与进来,他们会意识到只有NGS规范化,整个行业才能正常发展。患者检测量大了,才有更好的发展,这是多方获益的事情。

CAGC下一步的NGS可行性验证和临床试验,会邀请一些好的技术公司参与,向他们传递正确的信息,这些公司也通过这种形式知道哪些是真正对患者带来好处的。所有这些都忠于一个理念,就是患者利益高于一切,能够让患者生命延长,这是我们最关注的核心目标。

现场采访实录(三):

主题:肺癌临床治疗前沿趋势与基因检测的可行性

受访人:燃石医学CEO、创始人汉雨生先生

燃石医学成立于2014年,目前在产品研发、学术推广以及市场教育方面在国内做得都非常领先,公司目前已获得将近2亿元投资。在北上广建立了超过1万平米实验室和GMP生产车间,合作医院有110多家。

和其他医疗子行业发展比较缓慢所不同,精准医疗行业在国家政策支持及引导下,以前所未有的速度高速发展。肿瘤精准医疗行业是新兴的多学科(医学、分子生物学、测序技术、生物信息学)交叉的行业。精准医疗检测先行,精准诊断是精准医疗从发现、监控到治疗等各个步骤中不可或缺的。基于此,燃石医学在医学、生物信息学各方面都汇集了超过200名业内顶尖人才,用强大的资金和人才发展这个行业。

问:燃石参与CSCO/CAGC首部NGS共识指定相关的工作中吗?

汉雨生先生:是的。CSCO理事长吴一龙教授高屋建瓴地设计了此部《共识》,涉及医务人员的想法,还涉及商业公司实际经验和理念。吴教授细心倾听了很多公司的意见,燃石也是其中主要公司成员,提供了自身经验和知识积累。

吴教授推动的《共识》,对测序深度、分析流程,以及实验规范性有了具体的技术标准。燃石医学的除了产品达到世界领先的敏感性和特异性之外,公司还获得很多重量级的认证——今年5月份燃石医学将成为中国第一家拿到肿瘤NGS检测CLIA核心认证的公司。CLIA认证不仅代表燃石的产品达到了国际的标准,而且代表燃石检测的质量可靠性和稳定性达到国际的认可。

问:燃石成立迄今为止我们上市了哪些产品,包括仪器和设备吗?

汉雨生先生:燃石医学的上市产品涉及8个瘤种,21款产品,涉及到基于组织的重要检测、基于血液的重要检测,还包括监控产品。在建库、捕获、生物信息学分析层面等自主研发的部分,燃石医学已申请13个专利。

从产品的研发设计之初,我们就秉持燃石的产品一定要满足临床实际使用和患者最终获益。因此,我们不做大一统的产品,而是根据临床精准检测和治疗的需要,分不同的瘤种和临床治疗不同阶段的需要,开发和推出不同的产品。比如:燃石是唯一一个开发临床NGS临床应用共识所强调的肺癌8个基因的检测产品,我们不让患者过度检测。

问:国内NGS领域存在很多不规范现象,商业化趋势非常明显。燃石作为操作规范的公司,对NGS共识出台帮助规范这个行业有怎样的期待?

汉雨生先生:燃石一直大力支持CSCO/CAGC出台NGS共识。现在国内有200多家NGS公司,有些很好的公司会在大浪淘沙后沉淀下来,但更多的公司其实是鱼目混珠。在精准医疗的行业,最后只会剩下几家经得起时间考验和NGS共识考验而发展起来的NGS公司。在早期行业混乱时,燃石愿意帮助协会或政府来做正本清源的事情,帮助确定怎样的技术是市场上真正需要的、合格的。CSCO目前确立的标准,燃石医学早已达标,但我们志存高远,拥有远高于行业要求的标准。

问:共识中是否有对基因测序第三方检测企业的直接推广和销售的对象、形式进行了规定?那么,我们是不是更推荐由医生建议适合的患者进行检测?

汉雨生先生:从对患者负责的角度来讲,患者、甚至是健康人直接从一个公司购买一款没有经过认证或者没有标准的产品是非常危险的事情。比如现在为数不少的二代测序公司连临检所的资质都没有,就直接向患者出售,甚至有的越过医生直接出售给患者群,这样的做法非常危险。这也是吴一龙院长提及的有70%检测数据匹配不上的重要原因。

问:燃石有参加卫计委组织的室间质评吗?

汉雨生先生:我们每年都会参加,每次都以优秀的成绩通过;之前是比较简单的组织基因检测,随后还会参加更复杂的ctDNA评选。

EGFR的室间质评很早就有,而NGS室间质评去年才开始有。卫生部临检中心也看到NGS需要规范化,从临检中心的角度,第一点是做市场技术摸底,看看哪些公司合格/不合格,或哪些医院合格/不合格。(生物谷 Bioon.com)

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