临床研究

以疾病的诊断、治疗、预后、病因为目标;以病人为对象;以群体研究为主要研究方法;以医疗机构为基地的一类医学研究的总称。通过临床研究获得治疗方法的安全性和有效性。在群体中进行药物测试,以期获得剂量、药物作用、不良反应等相关资料,从而对治疗方法进行安全性有效性评价。

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Nat Methods:当免疫学与单细胞测序结合 完美!

来源:生物谷 2016-03-09 09:56

图片摘自:seqingclarity.com

2016年3月9日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,来自威康基因组校园单细胞基因组学中心的研究者通过研究改变了我们观察基因表达和免疫反应的方式,相关研究刊登于杂志Nature Methods上,文章中研究者开发了一种名为TraCeR的方法,该方法可以作为一种强有力的工具帮助深入进行免疫反应、疫苗、癌症及自身免疫疾病等研究。

是什么机制促进T细胞攻击抗原,而后另一种免疫细胞又会在下次遇到抗原时进行免疫记忆呢?研究人员进行了一系列RNA测序研究,并且开发了新型技术来帮助理解T细胞受体的作用机制;这种名为TraCeR的单细胞测序工具可以帮助确定单一细胞中T细胞受体的序列,同时还可以对每一个细胞的基因表达特性进行分析,这就为后期开发基于血细胞遗传特性的快速疾病诊断技术提供了新的思路。

当机体免疫系统检测到入侵者时,不管这种入侵者是疾病或者是机体自身的免疫反应,免疫系统就开始召集T细胞军队来移除病原体,而病原体同时也会产生大量不同的蛋白质;研究者Mike Stubbington说道,我们想知道的就是这些不同的T细胞如何对疾病产生反应,而且其在不同的反应中扮演什么样的角色。T细胞表面装配有特殊的受体,这些受体会锁定入侵的病原体,这就意味着这些受体会因上千万可能的DNA序列而表现出非常多的可变特性,而成对序列的结合则可以帮助确定受体所检测到的蛋白质类型,因此为了在分子水平上理解到底发生了什么,研究者就必须在每一个细胞中深入寻找所有的可能性序列;利用TraCeR技术,研究者就可以同时对高度可变的T细胞受体中的DNA和RNA特性进行有效的分析。

研究者指出,除非T细胞具有相同的母细胞,不然其表面的受体序列非常特殊,而其兄弟姊妹细胞的存在也证明了机体感染可以诱发特殊T细胞的分裂,进而清除入侵者;利用TraCeR工具研究者就可以准确鉴别出姊妹细胞,并且解释机体对沙门氏菌感染的不同反应。这种新型技术不仅可以帮助研究者确定是否所有T细胞的后代都会同时进行着相同的事情,而如今研究者就可以确定是否抗原自身在T细胞反应的表现上扮演着重要作用,甚至是否我们有可能根据T细胞表面手提的序列来确定入侵者的类别。

这种新型单细胞测序工具为科学家们研究T细胞提供了一种新的视野,也为揭示疾病发生过程中免疫反应的产生及更多深入机制提供了一定的思路;下一步研究者将利用相类似的方法深入研究B细胞,从而更加全面地理解机体中后天免疫系统的特殊功能。(生物谷Bioon.com)

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T cell fate and clonality inference from single-cell transcriptomes

Michael J T Stubbington, Tapio Lönnberg, Valentina Proserpio, Simon Clare, Anneliese O Speak, Gordon Dougan & Sarah A Teichmann

We developed TraCeR, a computational method to reconstruct full-length, paired T cell receptor (TCR) sequences from T lymphocyte single-cell RNA sequence data. TraCeR links T cell specificity with functional response by revealing clonal relationships between cells alongside their transcriptional profiles. We found that T cell clonotypes in a mouse Salmonella infection model span early activated CD4+ T cells as well as mature effector and memory cells.

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