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Nature Communications:甲基化测序捕捉三阴性乳腺癌表观遗传特性

来源:生物谷 2015-02-04 10:47

2015年2月4日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一篇刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中,来自澳大利亚悉尼加文医学研究所(Garvan Institute of Medical Research)的科学家们通过将乳腺癌患者机体的乳腺癌甲基化组同健康个体进行比较从而绘制出了一种新型的基因组图谱,其可以帮助揭示DNA如何被甲基化基团进行修饰,即DNA的甲基化过程。

本文研究揭示了乳腺癌细胞主要活检组织中不同的甲基化模式,其可以有效揭示患者的预后情况;三阴性乳腺癌在所有乳腺癌中占到了15%至20%,患该类乳腺癌的患者相比其它乳腺癌患者的复发风险和死亡率都较高;三阴性乳腺癌患者往往分为两类:第一类是不管是否进行治疗患者在3-5年内就会死亡;第二类是平均比非三阴性乳腺癌患者存活时间更长的患者群(在诊断后至少可以存活8年)。

目前并没有可靠的方法来对上述两类三阴性乳腺癌进行区分,而临床医生往往依据肿瘤的尺寸、扩散程度以及淋巴结的渗透性来决定患者应该被分为高风险类还是低风险类中。Susan Clark教授说道,文章中我们对三阴性乳腺癌患者的组织样本和配对的正常样本进行全基因组甲基化捕捉测序,同时进行新一代的测序来确定癌症在DNA甲基化中的特异性改变。

这项研究首次调查了三阴性乳腺癌的甲基化组及其和疾病预后的关联情况,目前在进行该疾病的有效管理上仍然缺乏相关的依据,由于缺少强大的检测诊断工具,很多女性都存在治疗过度的情况。研究者指出,根据肿瘤的表观遗传特性对其进行分类,我们就可以随着时间对选择性的乳腺癌群体进行追踪,及时监测患者对不同疗法的反应情况。

目前研究者Clare Stirzaker及其同事开发出的新型方法可以对归档的组织进行DNA提取来对甲基化组进行测序,从而实现将患者的甲基化模式同其疾病预后相联系起来。开发一种甲基化的测序技术也可以帮助研究者进行更多深入的研究。最后研究者表示,本文研究或为后期开发乳腺癌的新型诊断工具提供一定的帮助和线索。(生物谷Bioon.com)

本文系生物谷原创编译整理,欢迎转载!转载请注明来源并附原文链接。谢谢!

Methylome sequencing in triple-negative breast cancer reveals distinct methylation clusters with prognostic value

Clare Stirzaker Elena Zotenko Jenny Z. Song Wenjia Qu Shalima S. Nair Warwick J. Locke Andrew Stone Nicola J. Armstong Mark D. Robinson Alexander Dobrovic Kelly A. Avery-Kiejda Kate M. Peters Juliet D. French Sandra Stein Darren J. Korbie Matt Trau John F. Forbes Rodney J. Scott Melissa A. Brown Glenn D. Francis Susan J. Clark

Epigenetic alterations in the cancer methylome are common in breast cancer and provide novel options for tumour stratification. Here, we perform whole-genome methylation capture sequencing on small amounts of DNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue from triple-negative breast cancer (TNBC) and matched normal samples. We identify differentially methylated regions (DMRs) enriched with promoters associated with transcription factor binding sites and DNA hypersensitive sites. Importantly, we stratify TNBCs into three distinct methylation clusters associated with better or worse prognosis and identify 17 DMRs that show a strong association with overall survival, including DMRs located in the ​Wilms tumour 1 (​WT1) gene, bi-directional-promoter and antisense ​WT1-AS. Our data reveal that coordinated hypermethylation can occur in ​oestrogen receptor-negative disease, and that characterizing the epigenetic framework provides a potential signature to stratify TNBCs. Together, our findings demonstrate the feasibility of profiling the cancer methylome with limited archival tissue to identify regulatory regions associated with cancer.

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