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Nature biotechnology:应用慢病毒载体检测CRISPR-CAS9和TALEN脱靶

来源:生物谷 2015-02-02 10:57

                                             
2015年2月2日讯 /生物谷BIOON/ --近日,国际生物学期刊nature biotechnology在线刊登了美国科学家的一项最新研究成果,他们应用整合酶缺陷的慢病毒载体(IDLV)检测CRISPR-CAS9和TALEN对基因组造成的脱靶效应,最低可检测1%的脱靶频率。这项研究或对推广CRISPR-CAS9和TALEN技术,保证基因操作的准确性具有重要意义。
 
目前,CRISPR-CAS9和TALEN技术已经广泛应用在基因操作平台,但脱靶效应一直是科研人员应用这两项技术面临的最大担心和问题,脱靶会造成基因组的不稳定并会扰乱正常基因的功能。在之前的一些工作已经发现一些方法可以预测筛选脱靶位点,但这些研究方法都不能在体内很好匹配体外的预测结果,因此如何提高预测的准确性,优化预测方法成为推广应用CRISPR-CAS9和TALEN技术必须要解决的问题。
 
之前几个研究小组已经报道,双链IDLV能够通过非同源末端连接的方法特异性插入到基因组双链断裂DNA上,这种策略使体内标记核酸酶产生的双链断裂DNA成为可能,并被用于检测锌指核酸酶的脱靶切割位点。因此,Xiaoling Wang等人将IDLV用于衡量CRISPR-CAS9和TALEN的脱靶活性。
 
综上所述,该文章通过整合酶缺陷的慢病毒载体(IDLV)检测了CRISPR-CAS9和TALEN的脱靶效应,并对这两种技术的脱靶效应具有很高的检测效率。这项技术的应用或为推广CRISPR-CAS9和TALEN技术,保证基因操作的准确性起到重要推动作用。(生物谷Bioon.com)
 
本文系生物谷原创编译整理,欢迎转载!转载请注明来源并附原文链接。谢谢!
 
 
Unbiased detection of off-target cleavage by CRISPR-Cas9 and TALENs using integrase-defective lentiviral vectors
 
Xiaoling Wang, Yebo Wang, Xiwei Wu, Jinhui Wang, Yingjia Wang, Zhaojun Qiu, Tammy Chang, He Huang, Ren-Jang Lin & Jiing-Kuan Yee
 
The utility of CRISPR-Cas9 and TALENs for genome editing may be compromised by their off-target activity. We show that integrase-defective lentiviral vectors (IDLVs) can detect such off-target cleavage with a frequency as low as 1%. In the case of Cas9, we find frequent off-target sites with a one-base bulge or up to 13 mismatches between the single guide RNA (sgRNA) and its genomic target, which refines sgRNA design.
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