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Genome Announ:古老肠出血性大肠杆菌的全基因组测序已完成

来源:生物谷 2014-09-05 09:29

2014年9月5日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,来自加利福尼亚大学的研究人员首次完成了在美国引发食物中毒的大肠杆菌菌株的全基因组测序的工作,相关研究刊登于国际杂志Genome Announcements上。

尽管这株名为EDL933的大肠杆菌是在20世纪80年代分离的,但在1993年当其在美国西部再次引起食物中毒的时候就引起了科学家们的关注,如今完成了对其的全基因组测序后,研究人员表示,跳跃基因一般会在相同的基因组上移动,在某个时间点或许就会引发单一基因的损伤或者对抗生素产生耐药性。

研究者Ramy Aziz表示,随着这株大肠杆菌全基因组测序的完成,我们就可以对其所有的元件进行精确定位,来帮助我们追踪并且处理未来有可能会发生的食物中毒疫情。

历史上对菌株完成测序是在2001年,但是那会儿发布的测序数据中有许多空白之处,而后研究人员在不断改进测序技术来提高测序的精准度及覆盖面,而本文研究中,研究者利用Pacific Biosciences和Illumina公司的测序设备完成了对这株大肠杆菌的全基因组的测序工作。

新型的测序技术和组装技术将会更加清楚地将致病菌的详细基因组数据信息呈现给科学家们,让科学家对其基因组特性进行分析研究来揭示其致病机理及致病基因等;对多种致病菌株遗传学描述不仅可以增进研究者对菌株特性的理解,还可以帮助揭示这些菌株的“弱点”,以便后期研究者们可以开发出新型靶向疗法来治疗这些菌株引起的机体感染。(生物谷Bioon.com)

A Gapless, Unambiguous Genome Sequence of the Enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 Strain EDL933

Haythem Latifa, Howard J. Lia, Pep Charusantia, Bernhard Ø. Palssona, Ramy K. Aziza,b

Escherichia coli EDL933 is the prototypic strain for enterohemorrhagic E. coli serotype O157:H7, associated with deadly food-borne outbreaks. Because the publicly available sequence of the EDL933 genome has gaps and >6,000 ambiguous base calls, we here present an updated high-quality, unambiguous genome sequence with no assembly gaps.

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