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Nat Genet:伯基特淋巴瘤全基因组测序揭示基因突变遗传图谱

来源:生物谷 2012-11-14 00:04

2012年11月14日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,来自杜克大学医学院的研究者在对伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma tumor)的基因图谱绘制过程中,鉴别出了70个基因突变,包括未报道的和癌症相关的突变以及和疾病发病相关的一个特殊的基因。相关研究刊登于11月11日的国际杂志Nature Genetis上,为研究者开发新型药物或者疗法提供了很大帮助。

研究者Sandeep S. Dave博士表示,这项研究揭示了和疾病相关的常见的遗传突变,可以帮助我们理解疾病发病的生物学过程,为设计新型疗法开辟了新的路径。

文章中,研究者首次对完整的伯基特淋巴瘤基因组进行了测序,以及59个额外的伯基特淋巴瘤基因和94个弥漫性大B细胞淋巴瘤,这两种肿瘤具有很多类似的伯基特淋巴瘤特征,其由于肿瘤的类似,常常引起误诊以及疗法失败。

这项研究中,研究者报道了在伯基特淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤之间基因突变的差异,研究者Dave说,对于医生来说,准确诊断伯基特淋巴瘤非常重要,一旦出现误诊,使用标准疗法治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤,那么伯基特淋巴瘤患者就很有可能导致疾病恶化。

研究者在研究中鉴别出了在伯基特淋巴瘤中经常突变的70个基因,包括一系列首次鉴别出的和癌症相关的基因,其中一个基因突变-ID3,其在伯基特淋巴瘤中出现率为34%,而在弥漫性大B细胞淋巴瘤中并没有发现。

突变对于抑制细胞生长的基因来说会带来一种沉默的效应,可以促使细胞进行多种增殖。研究者表示,单独的改变或许会引发癌症,但是当单一的基因突变和Myc基因一起在伯基特淋巴瘤中发生的时候,其就会加速癌症的发展。

这项研究为开发新型用于抑制淋巴瘤癌细胞生长的药物(类似于ID3的功能)提供了帮助,如果研究者可以模仿ID3基因,恢复其功能就可以减缓肿瘤的生长,这无疑是一种新的癌症疗法,目前研究者表示,其需要进行大量实验来开发新型的疗法治疗癌症。(生物谷Bioon.com)

编译自:Genome Sequencing of Burkitt Lymphoma Reveals Unique Mutation

The genetic landscape of mutations in Burkitt lymphoma

Cassandra Love,1 Zhen Sun,1 Dereje Jima,1 Guojie Li,1 Jenny Zhang,1 Rodney Miles,2 Kristy L Richards,3 Cherie H Dunphy,3 William W L Choi,4 Gopesh Srivastava,4 Patricia L Lugar,5, 6 David A Rizzieri,5, 6 Anand S Lagoo,5, 6 Leon Bernal-Mizrachi,7 Karen P Mann,7 Christopher R Flowers,7 Kikkeri N Naresh,8 Andrew M Evens,9 Amy Chadburn,10 Leo I Gordon,10 Magdalena B Czader,11 Javed I Gill,12 Eric D Hsi,13 Adrienne Greenough,1 Andrea B Moffitt,1 Matthew McKinney,1, 5, 6 Anjishnu Banerjee,14 Vladimir Grubor,1 Shawn Levy,15 David B Dunson14 & Sandeep S Dave1, 5, 6 et al.

Burkitt lymphoma is characterized by deregulation of MYC, but the contribution of other genetic mutations to the disease is largely unknown. Here, we describe the first completely sequenced genome from a Burkitt lymphoma tumor and germline DNA from the same affected individual. We further sequenced the exomes of 59 Burkitt lymphoma tumors and compared them to sequenced exomes from 94 diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) tumors. We identified 70 genes that were recurrently mutated in Burkitt lymphomas, including ID3, GNA13, RET, PIK3R1 and the SWI/SNF genes ARID1A and SMARCA4. Our data implicate a number of genes in cancer for the first time, including CCT6B, SALL3, FTCD and PC. ID3 mutations occurred in 34% of Burkitt lymphomas and not in DLBCLs. We show experimentally that ID3 mutations promote cell cycle progression and proliferation. Our work thus elucidates commonly occurring gene-coding mutations in Burkitt lymphoma and implicates ID3 as a new tumor suppressor gene.

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