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Hum Mol Genet:多功能芯片用于检测肥胖基因变异体

  1. 基因变异体
  2. 肥胖
  3. 芯片

来源:生物谷 2012-11-19 08:26

2012年10月26日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项大型国际研究已经确定了三个新的基因变异体与成人身体质量指数(BMI)水平有关。约200名研究人员参与了该项新研究,进行了46项荟萃分析研究,涉及到109,000位成年人的基因数据,这些成年人跨越了四个族群。

2012年10月26日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项大型国际研究已经确定了三个新的基因变异体与成人身体质量指数(BMI)水平有关。约200名研究人员参与了该项新研究,进行了46项荟萃分析研究,涉及到109,000位成年人的基因数据,这些成年人跨越了四个族群。

费城儿童医院应用基因组中心的科学家领导了这项研究,使用CardioChip基因芯片检测了与脂质有关的疾病、2型糖尿病和其他疾病相关的50,000个极影,2,100个与心血管和代谢功能相关的基因。该研究发表9月21日的Human Molecular Genetic杂志上。

BMI是一种广泛使用的衡量肥胖标准,约三分之一的美国成年人受肥胖影响。以往研究表明,遗传在肥胖中起着重要作用,而这个研究扩展了我们BMI遗传学知识。

研究人员首先分析了约51,000名欧洲血统(EA)人的基因,获得了最初的基因信号数据集,然后在另一个27000名EA人群中进行了相似的研究,同时对约12,300名非裔美国人,2600名拉美裔和1100名东亚人的基因数据进行了分析。

研究人员发现了三个新的基因信号,基因TOMM40-APOE-APOC1,SREBF2和NTRK2与BMI明显的成年人。

这些基因以前都被认为与其他重要疾病相关。APOE是众所周知的参与调节血脂和血液循环的基因,并在阿尔茨海默氏病中起着重要的作用。在另一个CardioChip研究中,SREBF2基因被证实与2型糖尿病相关。最后,NTRK2编码BDNF蛋白的受体,这是众所周知的与体重指数(BMI)和与饮食失调厌食有关的受体。

Guo得出结论说,个体的每个基因对体重都有影响,但影响可能会很小。进一步的研究将调查同一性状基因,以及基因与基因之间的相互作用。国家心脏、肺和血液研究所,美国国立卫生研究院资助本研究。(生物谷:Bioon.com)

Gene-centric meta-analyses of 108 912 individuals confirm known body mass index loci and reveal three novel signals.

Guo Y, Lanktree MB, Taylor KC, Hakonsarson H, Lange LA, Keating BJ; The IBC 50K SNP array BMI Consortium.

Recent genetic association studies have made progress in uncovering components of the genetic architecture of the body mass index (BMI). We used the ITMAT-Broad-Candidate Gene Association Resource (CARe) (IBC) array comprising up to 49 320 single nucleotide polymorphisms (SNPs) across ~2100 metabolic and cardiovascular-related loci to genotype up to 108 912 individuals of European ancestry (EA), African-Americans, Hispanics and East Asians, from 46 studies, to provide additional insight into SNPs underpinning BMI. We used a five-phase study design: Phase I focused on meta-analysis of EA studies providing individual level genotype data; Phase II performed a replication of cohorts providing summary level EA data; Phase III meta-analyzed results from the first two phases; associated SNPs from Phase III were used for replication in Phase IV; finally in Phase V, a multi-ethnic meta-analysis of all samples from four ethnicities was performed. At an array-wide significance (P < 2.40E-06), we identify novel BMI associations in loci translocase of outer mitochondrial membrane 40 homolog (yeast) - apolipoprotein E - apolipoprotein C-I (TOMM40-APOE-APOC1) (rs2075650, P = 2.95E-10), sterol regulatory element binding transcription factor 2 (SREBF2, rs5996074, P = 9.43E-07) and neurotrophic tyrosine kinase, receptor, type 2 [NTRK2, a brain-derived neurotrophic factor (BDNF) receptor gene, rs1211166, P = 1.04E-06] in the Phase IV meta-analysis. Of 10 loci with previous evidence for BMI association represented on the IBC array, eight were replicated, with the remaining two showing nominal significance. Conditional analyses revealed two independent BMI-associated signals in BDNF and melanocortin 4 receptor (MC4R) regions. Of the 11 array-wide significant SNPs, three are associated with gene expression levels in both primary B-cells and monocytes; with rs4788099 in SH2B adaptor protein 1 (SH2B1) notably being associated with the expression of multiple genes in cis. These multi-ethnic meta-analyses expand our knowledge of BMI genetics.

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