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GS Junior对肠出血性大肠杆菌全基因组测序能获得较完整的装配数据

来源:Health Protection Agency 2011-06-17 17:12

据454 基因组研发总监Chinnappa Kodira介绍:尽管肠出血性大肠杆菌的部分片段一周前通过短读长测序平台获得了初步结果,但整个基因组的装配工作还未完成;整个基因的排布、内容等判断肠出血性的机理还有待进一步数据的完善得出结论;因此英国健康保护局相继开始在454 GS Junior的平台上对O104株型进行更完整的解读,并于6月14日之前将迄今最完整的基因组数据上传至NCBI。

当前通过454获得了完整的基因组装配序列,装配的完整性对于了解基因组结构,特别是如何获得致病性基因具有特别的意义,因其可判断致病性基因区段如何通过水平基因转移机制形成当前的致病株,以及整个进化、推进的全过程。结果显示致病株整合了来自其他两个株型的基因序列形成了两段特别的基因组序列与质粒序列,很可能对就是致病性产生的机制,这样的随机整合使O104不再平凡。

这场令数十人丧生,数千人入院治疗的疫情牵动了来自全球各地疾病控制中心与健康保护机构的神经,生命的脆弱带来的震动对于一探究竟的科研工作带来了无限动力;贯以长序列读长病原微生物检测,宏基因组研究著称的454测序平台成为此次解密当仁不让的选择,而对于此类基因组较小的物种,精巧型的测序平台GS Junior完全可以胜任。使用454 GS Junior平台完成一次测序仅需10小时,由于获得的序列读长较长,2小时内完成数据处理。

454 CEO Christopher McLeod 说,很欣慰能够看到454测序技术在人类健康研究中做出的贡献",可以在疫情爆发事件中提供快速、高质的基因组数据,为诊断与医疗提供强有力的数据是454 技术致力不变的发展方向。

罗氏的诊断部门在成功收购德国宝灵曼公司(Boehringer Mannheim GmbH.)后,成立了专业服务于科学研究领域用户的罗氏应用科学部(Roche Applied Science),凭借半个多世纪在生命科学研究领域积累的经验,罗氏应用科学部已成为在此领域中具领先地位的试剂及系统供应商之一。从耗时少的,全自动的样本制备系统(MagNA Lyser和 MagNA Pure),到快速精准的卡盘式LightCycler? 2.0 和 模 块 式 高 通 量LightCycler? 480 系列荧光定量 PCR仪,以及创新的超高通量基因组测序系统 Genome Sequencer FLX System、GS Junior System 和 NimbleGen.高密度 DNA 芯片,罗氏应用科学部研究和开发了多种应用于分子生物学相关研究领域的产品――广泛地应用在基因组学和蛋白组学研究中。秉承不断投入创新的精神,罗氏近年来在细胞学领域不断加大投入,最新推出的创新xCELLigence实时、 无标记细胞分析系统和细胞计数和分析领域的领军品牌Innovatis,为细胞学基础研究、药物研发和生产流程控制提供了高效的筛选和检测工具,构建了一套从基因组学方面到细胞组学方面的高效、完整研究解决方案。

##      关于454     ##

454是第一家新一代测序技术的缔造者,基于焦磷酸测序的基本原理,将其优化为迄今为止可达1Kbp单一序列读长的测序平台,以其长序列读长测序保持着在领域内无法替代的应用地位;2007年位于美国Branford 的454公司被罗氏收购,整合至罗氏诊断应用科学部,成为其最重要的产品线之一,为探索新一代测序技术在人类健康事业中的应用而奋力前行。

信息来源:

1 Health Protection Agency press release June 13, 2011: http://www.hpa.org.uk/NewsCentre/NationalPressReleases/2011PressReleases/110613Ecoligenome/

使用454平台测得的肠出血性大肠杆菌基因组数据已上传至NCBI,可在如下链接进行下载:
2 The sequence data can be viewed on the NCBI website http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
The GeneBank Project ID is 67929 and the accession number is afpn00000000. The data can also be viewed on the HPA website: www.hpa-bioinformatics.org.uk/lgp/genomes.

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(生物谷 Bioon.com)

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